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During the third year of the pandemic in Peru, the persistent transmission of SARS-CoV-2 led to the appearance of more transmissible and immune-evasive Omicron sublineages; in that context, the National Genomic Surveillance of SARS-CoV-2 performed by the Peruvian National Institute of Health detected spike mutations in the circulating Omicron BA.5.1.25 sublineage which was later designated as DJ.1 and increased during the fourth COVID-19 wave, this eventually branched into new sublineages. The introduction, emergence, and timing of the most recent common ancestor (tMRCA) of BA.5.1.25 and its descendants (DJ.1, DJ.1.1, DJ.1.2, and DJ.1.3) were investigated in this paper as well as the time lags between their emergence and identification by the Peruvian National Institute of Health. Our findings show that ongoing genomic surveillance of SARS-CoV-2 is critical for understanding its phylogenetic evolution and the emergence of novel variations.

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The present study assessed the diagnostic performance of the Xpert®Xpress SARS-CoV-2 test in comparison with the Charité protocol real-time RT PCR for the detection of SARS-CoV-2 in Peruvian patients. This was a diagnostic test study that included 100 nasal and pharyngeal swab samples. We obtained an overall concordance of 98.70% (95%CI: 92.98-99.97), with a kappa coefficient of 0.97 (95%CI: 0.86-1.00) and sensitivity and relative specificity rates of 100% and 96.15%, respectively. Additionally, the percentage of the area under the ROC curve was 98.08% in both cases, and an analytical specificity rate of 100% was obtained for the different respiratory viruses evaluated. In conclusion, the Xpert®Xpress SARS-CoV-2 test, by using nasal and pharyngeal swab samples, was highly sensitive and specific, and the kappa coefficient showed an excellent correlation when compared to the reference test. Motivation for the study. To describe and evaluate a closed molecular platform, easy to use and of importance in Peru for the management of diseases of public health priority, now implemented for the detection of SARS-CoV-2. Main findings. Highly sensitive and specific molecular test, with excellent correlation compared to the reference test for detecting SARS-CoV-2. Implications. Can be used in point-of-care laboratories for rapid molecular detection of different infectious agents, including SARS-CoV-2. Little expertise and minimal infrastructure are required to implement it.

En el presente estudio se estimó el rendimiento diagnóstico de la prueba Xpert®Xpress SARS-CoV-2 en comparación con la RT PCR en tiempo real-protocolo Charité, para la detección de SARS-CoV-2 en pacientes peruanos. Se trató de un diseño de prueba diagnóstica que incluyó 100 muestras de hisopado nasal y faríngeo. Se obtuvo una concordancia global de 98,70% (IC95%: 92,98-99,97), con un coeficiente kappa de 0,97 (IC95%: 0,86-1.00); se estimó una sensibilidad y especificad relativa de 100% y 96,15%, respectivamente. Adicionalmente, el porcentaje del área bajo la curva ROC fue 98,08% en ambos casos y se obtuvo una especificidad analítica del 100% para los diferentes virus respiratorios evaluados. En conclusión, la prueba Xpert®Xpress SARS-CoV-2 a partir de muestras de hisopado nasal y faríngeo fue altamente sensible y específica, así mismo el coeficiente kappa mostró una excelente correlación, al compararla con la prueba de referencia. Motivación para realizar el estudio. Descripción y evaluación de una plataforma molecular cerrada, de fácil uso y de importancia en el Perú para el manejo de enfermedades de prioridad en salud pública, ahora implementada para la detección de SARS-CoV-2. Principales hallazgos. Prueba molecular altamente sensible y específica, con una correlación excelente con respecto al referente para detectar SARS-CoV-2. Implicancias. Puede ser utilizada en los laboratorios que se encuentran en los puntos de atención del paciente para la detección molecular rápida de diferentes agentes infecciosos, incluido el SARS-CoV-2. Se necesita poca experticia y mínima infraestructura para poder implementarla.

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RESUMEN En el presente estudio se estimó el rendimiento diagnóstico de la prueba Xpert®Xpress SARS-CoV-2 en comparación con la RT PCR en tiempo real-protocolo Charité, para la detección de SARS-CoV-2 en pacientes peruanos. Se trató de un diseño de prueba diagnóstica que incluyó 100 muestras de hisopado nasal y faríngeo. Se obtuvo una concordancia global de 98,70% (IC95%: 92,98-99,97), con un coeficiente kappa de 0,97 (IC95%: 0,86-1.00); se estimó una sensibilidad y especificad relativa de 100% y 96,15%, respectivamente. Adicionalmente, el porcentaje del área bajo la curva ROC fue 98,08% en ambos casos y se obtuvo una especificidad analítica del 100% para los diferentes virus respiratorios evaluados. En conclusión, la prueba Xpert®Xpress SARS-CoV-2 a partir de muestras de hisopado nasal y faríngeo fue altamente sensible y específica, así mismo el coeficiente kappa mostró una excelente correlación, al compararla con la prueba de referencia.

ABSTRACT The present study assessed the diagnostic performance of the Xpert®Xpress SARS-CoV-2 test in comparison with the Charité protocol real-time RT PCR for the detection of SARS-CoV-2 in Peruvian patients. This was a diagnostic test study that included 100 nasal and pharyngeal swab samples. We obtained an overall concordance of 98.70% (95%CI: 92.98-99.97), with a kappa coefficient of 0.97 (95%CI: 0.86-1.00) and sensitivity and relative specificity rates of 100% and 96.15%, respectively. Additionally, the percentage of the area under the ROC curve was 98.08% in both cases, and an analytical specificity rate of 100% was obtained for the different respiratory viruses evaluated. In conclusion, the Xpert®Xpress SARS-CoV-2 test, by using nasal and pharyngeal swab samples, was highly sensitive and specific, and the kappa coefficient showed an excellent correlation when compared to the reference test.

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We present a case of disseminated cutaneous leishmaniasis with extensive manifestation in a pediatric patient with Down syndrome. The case was confirmed by parasitological and immunological tests. The species was identified as Leishmania (Viannia) braziliensis by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphisms (PCR-RFLP). The immune deficit that occurs as part of Down syndrome may have been the reason for the aggressive and prolonged clinical manifestations as well as the poor response to stibogluconate and deoxycholate amphotericin. The patient was treated with liposomal amphotericin B and at the end of therapy, showed clinical improvement of the lesions. This report highlights the challenges of the diagnosis and treatment of cutaneous leishmaniasis in immunosuppressed pediatric patients, especially under difficult social, economic and geographic conditions. Leishmaniasis should be considered as a differential diagnosis when treating atypical chronic dermatologic ulcers; the use of liposomal amphotericin in immunocompromised patients should also be considered in these cases.

Se presenta un caso de leishmaniasis selvática cutánea diseminada con manifestación extensa en una paciente pediátrica con síndrome de Down. El caso se confirmó a través de estudios parasitológicos e inmunológicos, mientras que la identificación se realizó mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa-polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (PCR-RFLP, por sus siglas en inglés), determinándose la especie como Leishmania (Viannia) braziliensis. La manifestación clínica agresiva y prolongada con poca respuesta a estibogluconato y anfotericina desoxicolato pueden deberse al déficit inmunológico que se presenta como parte del síndrome de Down. La paciente eventualmente recibió tratamiento con anfotericina B liposomal y al término de la terapia, mostró mejoría clínica de las lesiones. El presente reporte ilustra los desafíos tanto de diagnóstico como tratamiento de leishmaniasis cutánea en pacientes pediátricos inmunosuprimidos, especialmente en un entorno de difícil acceso social, económico y geográfico, a los servicios de salud. Se recomienda considerar a la leishmaniasis en el diagnóstico diferencial cuando se atienda ulceras crónicas dermatológicas atípicas; así como tener en cuenta el uso de anfotericina liposomal en pacientes inmunocomprometidos.

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Introducción. La vacunación contra el virus de la hepatitis B (VHB) en recién nacidos es crucial para la prevención de la transmisión perinatal. Objetivo. Determinar factores individuales e institucionales asociados a la vacunación contra el VHB en las 12 y 24 primeras horas de vida. Métodos. Se diseñó un estudio transversal y multicéntrico. Los datos sobre la vacunación fueron recogidos de los padres y de la revisión de reportes. Los datos de los variables individuales de los recién nacidos y madres fueron recogidos de las historias clínicas. Los datos institucionales fueron recogidos de registros de atención inmediata y directamente del personal de inmunizaciones. Resultados. Se incluyó 777 recién nacidos en 10 establecimientos. En el análisis multinivel resultó favorable a la vacunación en las primeras 12 horas, el mayor tiempo de atención en los servicios de inmunizaciones (RP: 1,0; IC95%: 0,99 - 1,01). Para la vacunación dentro de las 24 horas de vida fue favorable la mayor cantidad de personal de enfermería en los servicios de vacunación (RP: 1,02; IC95%: 1,01 - 1,03) y desfavorable la mayor cantidad de partos al día de los establecimientos (RP: 0,99; IC95%: 0,99 - 0,997). No se identificó factores individuales. Conclusión. Factores institucionales, como el tiempo de atención, la cantidad de personal de enfermería y la cantidad de partos, estuvieron asociados con la vacunación contra el VHB en recién nacidos. Se requiere estrategias de mejora como la introducción de la vacunación en la atención inmediata del neonato para la prevención de la transmisión perinatal del VHB.

Introduction. Vaccination against hepatitis B Virus (HBV) in newborns is crucial for the prevention of perinatal transmission. Objective. To determine the individual and institutional factors associated with vaccine for HBV in newborns in the first 12 hours and 24 hours of life. Methods. A cross-sectional, multicenter-design study was conducted in high level public and private hospitals in Lima Metropolitana and Callao. Information on vaccination was obtained through consultations with parents and review of health service reports. Individual variables of the newborns and their mothers were obtained from the medical records of the newborns. Institutional data were collected from immediate care records and from health personnel responsible for the immunization program. Results. The study was conducted in 10 health facilities, including 777 newborns. In the multilevel analysis, the longest care time in the vaccination service was favorable for vaccination within 12 hours of life (PR: 1,0; 95% CI: 0,9995-1,01); while for vaccination within 24 hours of life was favorable the greater number of nursing personnel (RP: 1,02; IC95%: 1,01-1,03) and unfavorable the greater number of deliveries per day in the institution (RP:0,99; IC95%: 0,99-0,997). No individual factors related to vaccination were identified. Conclusions. Institutional factors, such as length of care, number of nursing staff, and number of deliveries, were associated with newborn HBV vaccination. Improvement strategies are required, such as the introduction of vaccination in the immediate care of the newborn for the prevention of perinatal transmission of HBV.

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Los antimicrobianos parenterales son esenciales en el tratamiento de infecciones intrahospitalarias, sin embargo, es importante considerar la carga de sodio y volumen que pueden aportar, especialmente, en pacientes con restricción sódica. En el presente estudio se identificaron los antimicrobianos parenterales usados en uno de los hospitales más grandes del Perú. Se revisó la cantidad de sodio intrínseco y se calculó la cantidad de sodio total por día de tratamiento según el régimen frecuentemente usado en adultos. Como resultado, se encontró que 22% de las terapias antimicrobianas superaban el requerimiento de sodio diario, lo que podría ser perjudicial para pacientes con insuficiencia cardiaca, enfermedad renal crónica, con cirrosis hepática, entre otros.

Parenteral antibiotics are essential in the treatment of nosocomial infections; however, their sodium load and volume should be considered as an extra source, especially, in patients with sodium restriction. In this study, we identified the parental antibiotics used in one of the largest hospitals in Peru. We reviewed the amount of intrinsic sodium and we calculated the sodium load per day of treatment according to the commonly used regimen in adults. As a result, we found that 22% of the antibiotic treatment regimens exceed the daily sodium requirement, which could be harmful for patients with heart failure, chronic kidney disease, liver cirrhosis, among others.

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Se presenta un caso de leishmaniasis selvática cutánea diseminada con manifestación extensa en una paciente pediátrica con síndrome de Down. El caso se confirmó a través de estudios parasitológicos e inmunológicos, mientras que la identificación se realizó mediante la técnica de reacción en cadena de la polimerasa-polimorfismos de longitud de fragmentos de restricción (PCR-RFLP, por sus siglas en inglés), determinándose la especie como Leishmania (Viannia) braziliensis. La manifestación clínica agresiva y prolongada con poca respuesta a estibogluconato y anfotericina desoxicolato pueden deberse al déficit inmunológico que se presenta como parte del síndrome de Down. La paciente eventualmente recibió tratamiento con anfotericina B liposomal y al término de la terapia, mostró mejoría clínica de las lesiones. El presente reporte ilustra los desafíos tanto de diagnóstico como tratamiento de leishmaniasis cutánea en pacientes pediátricos inmunosuprimidos, especialmente en un entorno de difícil acceso social, económico y geográfico, a los servicios de salud. Se recomienda considerar a la leishmaniasis en el diagnóstico diferencial cuando se atienda ulceras crónicas dermatológicas atípicas; así como tener en cuenta el uso de anfotericina liposomal en pacientes inmunocomprometidos.

We present a case of disseminated cutaneous leishmaniasis with extensive manifestation in a pediatric patient with Down syndrome. The case was confirmed by parasitological and immunological tests. The species was identified as Leishmania (Viannia) braziliensis by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphisms (PCR-RFLP). The immune deficit that occurs as part of Down syndrome may have been the reason for the aggressive and prolonged clinical manifestations as well as the poor response to stibogluconate and deoxycholate amphotericin. The patient was treated with liposomal amphotericin B and at the end of therapy, showed clinical improvement of the lesions. This report highlights the challenges of the diagnosis and treatment of cutaneous leishmaniasis in immunosuppressed pediatric patients, especially under difficult social, economic and geographic conditions. Leishmaniasis should be considered as a differential diagnosis when treating atypical chronic dermatologic ulcers; the use of liposomal amphotericin in immunocompromised patients should also be considered in these cases.

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BACKGROUND: The administration of a third (booster) dose of COVID-19 vaccines in Peru initially employed the BNT162b2 (Pfizer) mRNA vaccine. The national vaccination program started with healthcare workers (HCW) who received BBIBP-CorV (Sinopharm) vaccine as primary regimen and elderly people previously immunized with BNT162b2. This study evaluated the reactogenicity and immunogenicity of the "booster" dose in these two groups in Lima, Peru. METHODS: We conducted a prospective cohort study, recruiting participants from November to December of 2021 in Lima, Peru. We evaluated immunogenicity and reactogenicity in HCW and elderly patients previously vaccinated with either two doses of BBIBP-CorV (heterologous regimen) or BTN162b2 (homologous regimen). Immunogenicity was measured by anti-SARS-CoV-2 IgG antibody levels immediately before boosting dose and 14 days later. IgG geometric means (GM) and medians were obtained, and modeled using ANCOVA and quantile regressions. RESULTS: The GM of IgG levels increased significantly after boosting: from 28.5±5.0 AU/mL up to 486.6±1.2 AU/mL (p<0.001) which corresponds to a 17-fold increase. The heterologous vaccine regimen produced higher GM of post-booster anti-SARS-CoV-2 IgG levels, eliciting a 13% increase in the geometric mean ratio (95%CI: 1.02-1.27) and a median difference of 92.3 AU/ml (95%CI: 24.9-159.7). Both vaccine regimens were safe and well tolerated. Previous COVID-19 infection was also associated with higher pre and post-booster IgG GM levels. CONCLUSION: Although both boosting regimens were highly immunogenic, two doses of BBIBP-CorV boosted with BTN162b2 produced a stronger IgG antibody response than the homologous BNT162b2 regimen in the Peruvian population. Additionally, both regimens were mildly reactogenic and well-tolerated.

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Objetivos: Explorar, desde las narrativas de la población de donantes de plasma convaleciente en un ensayo clínico, las experiencias en el proceso de donación de sangre. Métodos: Se realizó un estudio cualitativo con diseño fenomenológico. La investigación se llevó a cabo en un hospital de la seguridad social del Perú aplicándose entrevistas semiestructuradas a profundidad. Resultados: Se entrevistó a once donantes de plasma convaleciente. Se identificó que las principales motivaciones de los donantes fueron tanto el poder contribuir a la investigación nacional como, apoyar a pacientes afectados por la COVID-19. Los principales miedos se centran en el posible riesgo de contagio dentro del hospital. Por otro lado, los donantes resaltaron la atención y acompañamiento del personal de salud en el proceso. Las principales expectativas y sugerencias apuntan hacia una mayor difusión de las campañas de donación de sangre en general, con especial énfasis en el tema de seguridad, la mejora en el tiempo del procedimiento de donación (en el caso de la donación de plasma convaleciente, desde el enrolamiento hasta la extracción de plasma convaleciente) y, la implementación de espacios amigables para incentivar las futuras campañas de donación de sangre en general. Conclusiones: Las experiencias de los donantes de plasma convaleciente fueron positivas. Sin embargo, aún hay mejoras que realizar a nivel de procesos e infraestructuras para asegurar campañas exitosas de donación de sangre futuras.

Objectives: To know and explore from convalescent plasma donators' voices the experience in the blood donation process at a social security hospital. Methods: Qualitative study with a phenomenological design. The investigation was carried out in 01 hospitals of the social security of Peru. Semi-structured interviews were carried out. Results: Eleven donors of convalescent plasma were interviewed. The main motivations for donating were being able to contribute to national research and supporting patients affected by COVID-19. Fears focus on the possible risk of contagion within the hospital. Donors emphasised the attention and support of health personnel alongside the donation procedure. The main expectations and suggestions point towards greater dissemination of donation campaigns with special emphasis on safety. Likewise, an improvement in the time of the donation procedure (from enrolment to the extraction of convalescent plasma), and the implementation of friendly spaces to encourage future blood donation campaigns were highlighted. Conclusions: The experience of the convalescent plasma donors was positive. However, improvements must be made in terms of processes and infrastructure to ensure future successful blood donation campaigns.