RESUMO

The whole genome sequence of a low pathogenicity avian influenza virus (H6N2) was sequenced from a Brazilian teal (Amazonetta brasiliensis) in Brazil, 2023. Phylogenetic analysis of the whole genome revealed a distinct genome pertaining to South American LPAIV from 2014 to 2016, indicating extensive circulation among South American wild birds.

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Bat coronaviruses (Bat-CoVs) represent around 35% of all virus genomes described in bats. Brazil has one of the highest mammal species diversity, with 181 species of bats described so far. However, few Bat-CoV surveillance programmes were carried out in the country. Thus, our aim was to jevaluate the Bat-CoV diversity in the Atlantic Forest, the second biome with the highest number of bat species in Brazil. We analysed 456 oral and rectal swabs and 22 tissue samples from Atlantic Forest bats, detecting Alphacoronavirus in 44 swab samples (9.6%) targeting the RdRp gene from seven different bat species, three of which have never been described as Bat-CoV hosts. Phylogenetic analysis of the amino acid (aa) sequences coding the RdRp gene grouped the sequences obtained in our study with Bat-CoV previously detected in identical or congeneric bat species, belonging to four subgenera, with high aa identity (over 90%). The RdRp gene was also detected in three tissue samples from Diphylla ecaudata and Sturnira lilium, and the partial S gene was successfully sequenced in five tissues and swab samples of D. ecaudata. The phylogenetic analysis based on the partial S gene obtained here grouped the sequence of D. ecaudata with CoV from Desmodus rotundus previously detected in Peru and Brazil, belonging to the Amalacovirus subgenus, with aa identity ranging from 73.6% to 88.8%. Our data reinforce the wide distribution of Coronaviruses in bats from Brazil and the novelty of three bats species as Bat-CoV hosts and the co-circulation of four Alphacoronavirus subgenera in Brazil.

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The Callinectes genus has constant presence in extractive activities carried out by coastal communities. This study aimed to provide basic information about the population biology of C. sapidus and his diet in Saco da Fazenda (Itajaí/SC). The size at first maturity was estimated at 10.8cm (females) and as 8,8cm (males) in total carapace width. The CPUE had the lowest values in spring and the highest in autumn. For the period 2002-2003 the difference between the number of males and females was not significant, with a ratio of 0.84. As for the periods 2003-2004 (ratio=0.75) and 2004-2005 (ratio=1.37), the difference between the number of males and females was significantly. The highest monthly rates of biomass were recorded in the months of April, May, June and July. For the diet analyses were analyzed 254 individuals (120 males and 134 females). The X2 test analysis applied to the proportion of the sexes showed no significant difference. The majority of males (80%) and females (78.36%) presented the stomach with content. It was possible to identify 12 dietary items, and the most important are those of animal origin. The vegetable items represent a secondary role in the diet of blue crab.

O gênero Callinectes tem presença constante nas atividades extrativistas praticadas por comunidades litorâneas. O objetivo do trabalho é fornecer informações básicas sobre a biologia populacional e a dieta do siri-azul, C. sapidus, no Saco da Fazenda (Itajaí/SC). O tamanho da primeira maturação foi estimado em 10,8 cm (fêmeas) e 8,8 cm (machos) de largura total de carapaça. A CPUE apresentou os valores mais baixos na primavera e os mais elevados no outono. Para o período 2002-2003, a diferença entre o número de machos e o de fêmeas não foi significativa, com uma razão de 0,84. Entretanto, para os períodos 2003-2004 (razão=0,75) e 2004-2005 (razão=1,37), a diferença entre o número de machos e o de fêmeas foi significativa. As maiores taxas mensais de biomassa foram registradas nos meses de abril, maio, junho e julho. Para a análise da dieta foram analisados 254 indivíduos (120 machos e 134 fêmeas). A análise do teste X2 aplicada à proporção dos sexos não demonstrou diferença significativa. A maioria dos machos (80%) e das fêmeas (78,36%) apresentava o estômago com conteúdo. Foi possível identificar 12 itens alimentares na dieta, sendo que os de maior importância foram os de origem animal. Os itens de origem vegetal representam um papel secundário na dieta da espécie.

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Population aspects of Callinectes ornatus (Ordway, 1863) originated from bob-shrimp fishing in the river catchment area São Francisco (Alagoas and Sergipe - Brazil). The carcinofauna escort originated from fishing for bob-shrimp (Xiphopenaeus kroyeri Heller, 1862) is quite diverse; highlighting catches the crab C. ornatus. In this paper, the biological material was collected monthly from January to December 2011, the last Fishing trailing. C. ornatus totaled 891 individuals, of whom 57.9% were males. The average width of the carapace was 29.2mm for males and for females 24.8mm; for males the catch concentrated in individuals with carapace width of between 8 and 44mm (mode in 38mm), while females ranged from 10 to 42mm (mode in 29 mm); recruitment, taking into account the average width of the carapace, was recorded in a continuous period between December and May, for males and from November to May, for females. The length-weight relationship of the specimens was positive allometric for males (b=3.17) and females (b=3.04). To protect the crab, this paper provides background information to support the planning and fisheries management of this species.

A carcinofauna que acompanha a pesca artesanal do camarão Xiphopenaeus kroyeri (Heller, 1862) é bastante diversificada, com destaque à captura do siri Callinectes ornatus (Ordway, 1863). Neste estudo, o material biológico foi coletado mensalmente durante um ano (janeiro a dezembro/2011), proveniente de embarcação motorizada da frota camaroeira de arrasto. C. ornatus totalizou 891 indivíduos, dos quais 57,9% eram machos. A média de largura do cefalotórax (LC) foi maior nos machos (29,2 mm) do que nas fêmeas (24,8 mm); para os machos, as capturas concentraram-se em indivíduos com LC entre 8 e 44 mm, e fêmeas entre 10 a 42 mm; o recrutamento, levando-se em consideração os menores tamanhos (LC), foi registrado em um período contínuo de seis meses para os machos (dezembro a maio), similar aos sete meses constatados para as fêmeas (novembro a maio). A relação peso-tamanho dos espécimes foi alométrica positiva para os machos (b=3,17) e fêmeas (b=3,04). Os dados obtidos fornecem informação básica, indispensável como subsídios ao ordenamento e manejo pesqueiro do siri, particularmente na região de abrangência da pluma estuarina do Rio São Francisco (Alagoas e Sergipe, Brasil).

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Population aspects of Callinectes ornatus (Ordway, 1863) originated from bob-shrimp fishing in the river catchment area São Francisco (Alagoas and Sergipe - Brazil). The carcinofauna escort originated from fishing for bob-shrimp (Xiphopenaeus kroyeri Heller, 1862) is quite diverse; highlighting catches the crab C. ornatus. In this paper, the biological material was collected monthly from January to December 2011, the last Fishing trailing. C. ornatus totaled 891 individuals, of whom 57.9% were males. The average width of the carapace was 29.2mm for males and for females 24.8mm; for males the catch concentrated in individuals with carapace width of between 8 and 44mm (mode in 38mm), while females ranged from 10 to 42mm (mode in 29 mm); recruitment, taking into account the average width of the carapace, was recorded in a continuous period between December and May, for males and from November to May, for females. The length-weight relationship of the specimens was positive allometric for males (b=3.17) and females (b=3.04). To protect the crab, this paper provides background information to support the planning and fisheries management of this species.(AU)

A carcinofauna que acompanha a pesca artesanal do camarão Xiphopenaeus kroyeri (Heller, 1862) é bastante diversificada, com destaque à captura do siri Callinectes ornatus (Ordway, 1863). Neste estudo, o material biológico foi coletado mensalmente durante um ano (janeiro a dezembro/2011), proveniente de embarcação motorizada da frota camaroeira de arrasto. C. ornatus totalizou 891 indivíduos, dos quais 57,9% eram machos. A média de largura do cefalotórax (LC) foi maior nos machos (29,2 mm) do que nas fêmeas (24,8 mm); para os machos, as capturas concentraram-se em indivíduos com LC entre 8 e 44 mm, e fêmeas entre 10 a 42 mm; o recrutamento, levando-se em consideração os menores tamanhos (LC), foi registrado em um período contínuo de seis meses para os machos (dezembro a maio), similar aos sete meses constatados para as fêmeas (novembro a maio). A relação peso-tamanho dos espécimes foi alométrica positiva para os machos (b=3,17) e fêmeas (b=3,04). Os dados obtidos fornecem informação básica, indispensável como subsídios ao ordenamento e manejo pesqueiro do siri, particularmente na região de abrangência da pluma estuarina do Rio São Francisco (Alagoas e Sergipe, Brasil).(AU)

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The Callinectes genus has constant presence in extractive activities carried out by coastal communities. This study aimed to provide basic information about the population biology of C. sapidus and his diet in Saco da Fazenda (Itajaí/SC). The size at first maturity was estimated at 10.8cm (females) and as 8,8cm (males) in total carapace width. The CPUE had the lowest values in spring and the highest in autumn. For the period 2002-2003 the difference between the number of males and females was not significant, with a ratio of 0.84. As for the periods 2003-2004 (ratio=0.75) and 2004-2005 (ratio=1.37), the difference between the number of males and females was significantly. The highest monthly rates of biomass were recorded in the months of April, May, June and July. For the diet analyses were analyzed 254 individuals (120 males and 134 females). The X2 test analysis applied to the proportion of the sexes showed no significant difference. The majority of males (80%) and females (78.36%) presented the stomach with content. It was possible to identify 12 dietary items, and the most important are those of animal origin. The vegetable items represent a secondary role in the diet of blue crab.(AU)

O gênero Callinectes tem presença constante nas atividades extrativistas praticadas por comunidades litorâneas. O objetivo do trabalho é fornecer informações básicas sobre a biologia populacional e a dieta do siri-azul, C. sapidus, no Saco da Fazenda (Itajaí/SC). O tamanho da primeira maturação foi estimado em 10,8 cm (fêmeas) e 8,8 cm (machos) de largura total de carapaça. A CPUE apresentou os valores mais baixos na primavera e os mais elevados no outono. Para o período 2002-2003, a diferença entre o número de machos e o de fêmeas não foi significativa, com uma razão de 0,84. Entretanto, para os períodos 2003-2004 (razão=0,75) e 2004-2005 (razão=1,37), a diferença entre o número de machos e o de fêmeas foi significativa. As maiores taxas mensais de biomassa foram registradas nos meses de abril, maio, junho e julho. Para a análise da dieta foram analisados 254 indivíduos (120 machos e 134 fêmeas). A análise do teste X2 aplicada à proporção dos sexos não demonstrou diferença significativa. A maioria dos machos (80%) e das fêmeas (78,36%) apresentava o estômago com conteúdo. Foi possível identificar 12 itens alimentares na dieta, sendo que os de maior importância foram os de origem animal. Os itens de origem vegetal representam um papel secundário na dieta da espécie.(AU)

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Inúmeros métodos são utilizados para calcular índices de integridade biótica (IIB) em diferentes regiões do mundo. Esse trabalho teve por objetivo calcular o índice de Integridade Biótica (IIB), para uma área estuarina no Sul do Brasil, a partir de dados da comunidade de peixes e avaliar suas flutuações ao longo dos anos. Neste estudo foram estabelecidos quatro pontos para amostragem da ictiofauna, no estuário Saco da Fazenda em Itajaí-SC, em coletas mensais realizadas entre maio/2012 a abril/2013. As amostras foram triadas e os espécimes identificados até o nível taxonômico de espécie. O valor obtido para o Índice de Integridade Biótica incluiu 11 atributos, em quatro graus de degradação ao longo de um ano de amostragem. Os valores do IIB foram calculados e classificados em diferentes níveis para reconhecer suas variações temporais e espaciais. Foi calculado também o IIB utilizando os dados históricos (2000 a 2005), para mostrar as alterações em comparação com as investigações de campo recentes. O resultado para os anos de 2000-2002 indica uma integridade biótica pobre, sendo regular para os anos de 2003-2005 e regredindo para pobre nos anos de 2012-2013.

Numerous methods are used to calculate the Index of Biotic Integrity (IIB) in diverse regions of the world. The objective of this work is to calculate the Index of Biotic Integrity (IIB), for an estuarine area in southern Brazil from fish community data and evaluate their fluctuations over the years. In this study, four ichthyofauna sampling points were established in the estuary "Saco da Fazenda", Itajaí-SC, in monthly samples taken during the period of May/2012 and April/2013. The samples were screened and the specimens identified at the taxonomic level of species. The value obtained for the Index of Biotic Integrity included 11 attributes, in four degrees of degradation over a year of sampling. Values were calculated and IIB classified into different levels to recognize its temporal and spatial variations. IIB was also calculated using historical data (2000 to 2005) to show the changes compared with recent field investigations. The results for the years 2000-2002 indicate a poor biotic integrity, being regular for the years 2003-2005 and regress to poor in the years 2012-2013.

Numerosos métodos se utilizan para calcular los índices de integridad biótica (IIB) en diferentes regiones del mundo. Este estudio tuvo como objetivo calcular el índice de Integridad Biótica (IIB) para un área de estuario en el sur de Brasil, a partir de datos de la comunidad de peces y así evaluar sus fluctuaciones en los últimos anos. En este estudio se establecieron cuatro puntos de muestreo de las poblaciones de peces en el estuario del Saco da Fazenda en el Itajaí-SC, en muestras mensuales tomadas durante el período mayo/2012 a abril/2013. Las muestras fueron examinadas y los especímenes identificados hasta el nivel taxonómico de especies. El valor obtenido para el índice de Integridad Biótica incluyó 11 atributos en cuatro grados de degradación de más de un ano de muestreo. Se calcularon y se clasifican los valores del IIB en diferentes niveles para reconocer sus variaciones temporales y espaciales. IIB también se ha calculado utilizando los datos históricos (2000-2005), para mostrar los cambios en comparación con las investigaciones de campo recientes. El resultado para los años 2000-2002 indica una integridad biótica de calidad pobre, siendo de calidad regular para los años 2003-2005 y una regresión para pobre en los años 2012-2013.

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The use of mist nets for inventories and monitoring of birds and bats is a widespread practice today. Usually this methodology is used in daytime periods for birds and during the night to catch bats. The aim of this study is to report the accidental capture of Nyctibius griseus (NYCTIBIIDAE) in mist nets, armed to monitor bats. The activities were carried out in a forest fragment, inserted in the Atlantic Forest biome, located in the city of Dois Irmãos das Missões (north of Rio Grande do Sul, Brazil). On Dec. 25, 2009, the accidental capture of one N. griseus male individual was registered. Until that time, there had been no reports on the catching of this species using mist nets in the literature. The authors attribute this accidental capture of N. griseus to the fact that many large beetles were also trapped on the mist nets on the same date, and considering the food habit from these birds (exclusively insectivorous), the beetles may be acting as live baits, making the accidental capture easy.

La utilización de mallas de niebla para realización de inventarios y monitoreo de aves y quirópteros es una práctica extensamente difundida actualmente. Normalmente se utiliza esta metodología en periodos diurnos para aves y nocturno para captura de murciélagos. El objetivo de este estudio es relatar la captura accidental de Nyctibius griseus (NYCTIBIIDAE), en malla de niebla, armada para monitoreo de quirópteros. Las actividades se han realizado en un remaneciente forestal, inserido en el bioma Mata Atlántica, ubicado en el municipio de Dos Hermanos de las Misiones (norte del Rio Grande de Sur, Brasil). El día 25 de diciembre de 2009 se registró la captura accidental de una espécimen macho de N. griseus. Hasta el momento no se ha encontrado en la literatura ningún otro registro de captura de esa especie, con malla de niebla. Los autores atribuyen esa captura accidental de N. griseus al hecho de innúmeros coleópteros de gran tamaño que se han quedado atrapados en la malla de niebla, en la misma fecha y, en función del hábito alimentar esencialmente insectívoro de esa especie de ave, los escarabajos pueden haber actuado como carnada viva, facilitando la captura accidental.

A utilização de redes de neblina para realização de inventários e monitoramentos de aves e quirópteros é uma prática largamente difundida nos dias atuais. Normalmente utiliza-se esta metodologia em períodos diurnos para aves e no turno da noite para a captura de morcegos. O objetivo deste trabalho é relatar a captura acidental de Nyctibius griseus (NYCTIBIIDAE), em rede de neblina, armada para o monitoramento de quirópteros. As atividades foram realizadas em um remanescente florestal, inserido no bioma Mata Atlântica, localizado no município de Dois Irmãos das Missões (norte do Rio Grande do Sul, Brasil). No dia 25 de dezembro de 2009 foi registrada a captura acidental de um espécime macho de N. griseus. Até o momento não foi encontrado na literatura nenhum outro registro de captura dessa espécie, com rede de neblina. Os autores atribuem essa captura acidental de N. griseus ao fato de inúmeros coleópteros de grande porte terem ficado presos na rede de neblina, na mesma data e, em função do hábito alimentar essencialmente insetívoro dessa espécie de ave, os besouros podem ter atuando como iscas-vivas, facilitando a captura acidental.