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Abstract The Apple Germplasm Bank (AGB) of Santa Catarina Agricultural Research and Rural Extension Company - Epagri, AGB-Epagri, is the largest of the genus Malus in Brazil. Twenty-eight main accessions of this bank were virus screened through DAS-ELISA, RT-PCR and IC-RT-PCR during two consecutive reproductive cycles, and each accession showed latent mixed infection by at least two species, among ASGV, ASPV and ACLSV. The combined use of diagnostic methods helped overcome inconsistencies commonly found in apple virus detection and was shown essential for the AGB-Epagri can be safely used as a source of genetic variability and for the exchange of virus-free propagative material.

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Chilling requirement (CR) for bud dormancy completion determines the time of bud break in apple (Malus × domestica Borkh.). The molecular control of bud dormancy is highly heritable, suggesting a strong genetic control of the trait. An available Infinium II SNP platform for genotyping containing 8,788 single nucleotide polymorphic markers was employed, and linkage maps were constructed in a F1 cross from the low CR M13/91 and the moderate CR cv. Fred Hough. These maps were used to identify quantitative trait loci (QTL) for bud break date as a trait related to dormancy release. A major QTL for bud break was detected at the beginning of linkage group 9 (LG9). This QTL remained stable during seven seasons in two different growing sites. To increase mapping efficiency in detecting contributing genes underlying this QTL, 182 additional SNP markers located at the locus for bud break were used. Combining linkage mapping and structural characterization of the region, the high proportion of the phenotypic variance in the trait explained by the QTL is related to the coincident positioning of Arabidopsis orthologs for ICE1, FLC, and PRE1 protein-coding genes. The proximity of these genes from the most explanatory markers of this QTL for bud break suggests potential genetic additive effects, reinforcing the hypothesis of inter-dependent mechanisms controlling dormancy induction and release in apple trees.

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Several protocols to extract plant DNA exist, which can provide varying concentrations and quality of DNA due to the interaction between the protocol components and plant tissue compounds that affect the extraction, such as polyphenols and proteins. The objective of this study was to test the efficiency of different protocols for extracting DNA from apple tree leaves. Three DNA extraction protocols were tested: FastDNA® SPIN Kit - MP Biomedicals; adaptation from Qiagen DNeasy® Plant Mini Kit; adapted CTAB. Fresh and frozen young leaves of the genotypes M-10/09, SCS426 Venice and SCS427 Elenise were used. The purity and concentration of the DNA were analyzed using a spectrophotometer. The DNA extracted was tested using PCR with one primer related to regions of the genome that access transcription factors in apples (SAND). The highest concentrations of DNA were provided by the adapted CTAB protocol. Regarding purity, the adaptation from Qiagen DNeasy® Plant Mini Kit and the adapted CTAB protocols were considered satisfactory. Regarding DNA quality verified by PCR, all protocols were efficient for amplification of the target fragments. Therefore, all three protocols can be used for DNA extraction from apple leaves; however, the use of the adapted CTAB protocol showed high efficiency, due to the higher quality and concentration of DNA,with the lowest relative cost in the process of DNA extraction.(AU)

Existem diversos protocolos para a extração de DNA vegetal, que proporcionam concentrações e qualidade variáveis de DNA em função da interação entre os componentes das soluções de extração e os compostos dos tecidos vegetais interferentes, como polifenois e proteínas. O objetivo da realização do trabalho foi testar a eficiência de protocolos de extração de DNA a partir de folhas de macieira. Testou-se três protocolos de extração de DNA: Kit FastDNA® SPIN da MP Biomedicals; adaptação a partir do Mini Kit DNeasy® Plant da Qiagen; adaptação do protocolo CTAB. Foram utilizadas folhas jovens frescas e congeladas dos genótipos M-10/09, SCS426 Venice e SCS427 Elenise. A pureza e a concentração das amostras de DNA obtidas foram analisadas em espectrofotômetro. O DNA foi testado via reações de PCR com o iniciador SAND, que acessa uma região do genoma da macieira associada a um fator de transcrição. As maiores concentrações de DNA foram proporcionadas pelo protocolo CTAB adaptado. Já quanto à pureza, considerou-se satisfatório o protocolo adaptado a partir do Mini Kit DNeasy® Plant e o CTAB adaptado, enquanto que todos os protocolos foram eficientes para a amplificação dos fragmentos alvo via reações de PCR. Dessa forma, os três protocolos podem ser utilizados para a extração de DNA de macieira a partir de folhas. Contudo, com a utilização do protocolo with the lowest relative cost in the process of DNA extraction.(AU)

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Several protocols to extract plant DNA exist, which can provide varying concentrations and quality of DNA due to the interaction between the protocol components and plant tissue compounds that affect the extraction, such as polyphenols and proteins. The objective of this study was to test the efficiency of different protocols for extracting DNA from apple tree leaves. Three DNA extraction protocols were tested: FastDNA® SPIN Kit - MP Biomedicals; adaptation from Qiagen DNeasy® Plant Mini Kit; adapted CTAB. Fresh and frozen young leaves of the genotypes M-10/09, SCS426 Venice and SCS427 Elenise were used. The purity and concentration of the DNA were analyzed using a spectrophotometer. The DNA extracted was tested using PCR with one primer related to regions of the genome that access transcription factors in apples (SAND). The highest concentrations of DNA were provided by the adapted CTAB protocol. Regarding purity, the adaptation from Qiagen DNeasy® Plant Mini Kit and the adapted CTAB protocols were considered satisfactory. Regarding DNA quality verified by PCR, all protocols were efficient for amplification of the target fragments. Therefore, all three protocols can be used for DNA extraction from apple leaves; however, the use of the adapted CTAB protocol showed high efficiency, due to the higher quality and concentration of DNA,with the lowest relative cost in the process of DNA extraction.

Existem diversos protocolos para a extração de DNA vegetal, que proporcionam concentrações e qualidade variáveis de DNA em função da interação entre os componentes das soluções de extração e os compostos dos tecidos vegetais interferentes, como polifenois e proteínas. O objetivo da realização do trabalho foi testar a eficiência de protocolos de extração de DNA a partir de folhas de macieira. Testou-se três protocolos de extração de DNA: Kit FastDNA® SPIN da MP Biomedicals; adaptação a partir do Mini Kit DNeasy® Plant da Qiagen; adaptação do protocolo CTAB. Foram utilizadas folhas jovens frescas e congeladas dos genótipos M-10/09, SCS426 Venice e SCS427 Elenise. A pureza e a concentração das amostras de DNA obtidas foram analisadas em espectrofotômetro. O DNA foi testado via reações de PCR com o iniciador SAND, que acessa uma região do genoma da macieira associada a um fator de transcrição. As maiores concentrações de DNA foram proporcionadas pelo protocolo CTAB adaptado. Já quanto à pureza, considerou-se satisfatório o protocolo adaptado a partir do Mini Kit DNeasy® Plant e o CTAB adaptado, enquanto que todos os protocolos foram eficientes para a amplificação dos fragmentos alvo via reações de PCR. Dessa forma, os três protocolos podem ser utilizados para a extração de DNA de macieira a partir de folhas. Contudo, com a utilização do protocolo with the lowest relative cost in the process of DNA extraction.

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In this work the genetic divergence among 14 sweet cassava cultivars was estimated by their morphological agronomic traits and RAPD molecular markers. The Tocher cluster analysis and the Nearest Neighbor Method were applied. The most dissimilar cultivars were Pão and Guaíra, Fécula Branca and Pão, and Pão and Caipira, while the most similar cultivar were the Fécula Branca and Branca 1, Branca 3 and Branca 1, and Guaíra and Branca 1. The Jaccard's coefficient showed that the most similar cultivars were Guaíra and Quarenta Quilos, while the most dissimilar were Branca 3 and Amarela da Rama Cinza. The divergence analysis indicated that promising crosses could be made between the Branca 3 cultivar and the Pão, Amarela 1, Fécula Branca and Amarela 2 cultivars for the high genetic divergence, favorable agronomic and culinary traits, and disease resistance on the part of at least one of the parents involved in the cross.

A divergência genética entre 14 cultivares de mandioca-de-mesa foi estimada mediante o uso de caracteres morfoagronômicos e de marcadores moleculares RAPD. As análises de agrupamento de Tocher e do Vizinho Mais Próximo foram efetuadas. As cultivares mais divergentes foram Pão e Guaíra, Fécula Branca e Pão, e Pão e Caipira, enquanto as mais similares foram Fécula Branca e Branca 1, Branca 3 e Branca 1, e Guaíra e Branca 1. O coeficiente de Jaccard indicou que as cultivares mais similares foram Guaíra e Quarenta Quilos, enquanto as mais dissimilares foram Branca 3 e Amarela da Rama Cinza. A análise de divergência indicou que cruzamentos promissores deveriam ser efetuados entre as cultivares Branca 3, Pão, Amarela 1, Fécula Branca e Amarela 2 pela alta divergência genética, características agronômicas e culinárias favoráveis, e resistência à doenças de parte de pelo menos um dos parentais envolvidos no cruzamento.

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The objective of this work was to compare different phenotypic stability methods by using yield and storage root dry matter content data of eight cassava genotypes, assessed in eight environments in northwest of Paraná State, Brazil. All the methodologies applied showed to be able to study the stability of cassava genotypes, but each with its peculiarities. The methodologies of Eskridge, Annicchiarico and Lin and Binns were the most appropriated on situation with smaller effect of G x E interaction. The AMMI analysis and the Toler and Burrows methodology were the most specific on detailing specific adaptations of cassava genotypes to favorable and unfavorable environments. It could be suggested to use simultaneous AMMI analysis and Toler and Burrows methodology. The clone IAC 190-89 was the most promising.

O objetivo deste trabalho foi comparar diferentes metodologias de análise de estabilidade fenotípica considerando produção e teor de matéria seca nas raízes tuberosas de oito genótipos de mandioca, avaliados em oito ambientes na região Noroeste do Paraná. Todas as metodologias aplicadas se mostraram aptas no estudo da estabilidade dos genótipos avaliados, cada uma delas com suas particularidades. As metodologias de Eskridge, Annicchiarico e Lin e Binns se mostraram mais adequadas para situações de menor efeito da interação G x A. A análise AMMI e a metodologia de Toler e Burrows propiciaram um melhor detalhamento das adaptações específicas dos genótipos a ambientes favoráveis e desaforáveis. É sugerido o uso simultâneo da análise AMMI e da metodologia de Toler e Burrows. O clone IAC 190-89 mostrou-se mais promissor.

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A study was carried out in Araruna County, State of Paraná, to understand the relationship between the total dry matter yield and its proportion allocated to the storage roots of cassava (Manihot esculenta Crantz) plants in the second vegetative cycle. The experimental design was a randomized complete block in split-plot scheme with four replications. The plots consisted of the Mico, IAC 13 and IAC 14 cultivars and the monthly harvesting dates were assessed in the sub-plots. The results showed that the Mico and IAC 13 cultivars were more efficient in allocating dry matter to the storage roots. The IAC 14 cultivar allocated a higher proportion of assimilates to stems compared with the other two cultivars. With regard to the influence of harvesting time, the lowest harvest indexes were observed in the periods of more intense vegetative growth. However, the highest carbohydrate proportions were allocated to the storage roots during periods of low vegetative growth.

Com o objetivo de uma melhor compreensão da relação entre a produtividade total de massa seca e a proporção de alocação desta nas raízes tuberosas em plantas de mandioca, foi conduzido no município de Araruna-PR, um experimento em delineamento de blocos casualizados, em esquema de parcelas subdivididas com quatro repetições. Nas parcelas foram dispostas três cultivares (Mico, IAC 13 e IAC 14), e nas subparcelas dez épocas de colheita mensais, a partir do início do segundo ciclo vegetativo das plantas. As cultivares Mico e IAC 13 foram mais eficientes do que a IAC 14 em alocar massa seca nas raízes tuberosas, ao passo que esta última alocou maior proporção de massa seca em suas hastes. Em relação às épocas, os menores índices de colheita ocorreram em períodos de mais intenso crescimento vegetativo das plantas, ao passo que a maior proporção de carboidratos foi alocada nas raízes tuberosas em períodos de baixo crescimento vegetativo.

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In 2003 and 2004, 32 isolates of Colletotrichum lindemuthianum obtained from the infected plants of field-grown common bean (Phaseolus vulgaris L.) in Santa Catarina state, Brazil were analyzed based on the virulence to 12 differential cultivars of Phaseolus vulgaris L.. Thirteen distinct races were identified, six of which had not been reported previously in Santa Catarina. This is the first report of the occurrence of 67, 83,101,103,105, and 581 races of C. lindemuthianum. Race 65 was most common (34 percent). All the isolates were compatible to the cultivars Michelite and Mexico 222. Some isolates infected not only differential cultivar of Mesoamerican origin, but also the ones of Andean origin.

Em 2003 e 2004, isolados de Colletotrichum lindemuthianum obtidas de plantas infectadas de feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.) no Estado de Santa Catarina, Brasil foram analisadas baseando-se na virulência em 12 cultivares diferenciadoras de Phaseolus vulgaris L.. Treze raças distintas foram identificadas, sendo que seis delas não haviam sido reportadas anteriormente em Santa Catarina. Este é o primeiro registro de ocorrência das raças 67, 83, 101,103,105, e 581 do C. lindemuthianum. A raça mais comum foi a 65 (34 por cento). Todos os isolados foram compatíveis com as cultivares Michelite e México 222. Alguns dos isolados infectaram tanto cultivares diferenciadoras de origem Mesoamericana como de origem Andina.

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O presente trabalho teve como objetivo avaliar a estabilidade de produção de raízes tuberosas e de índice de colheita de 14 cultivares de mandioca-de-mesa coletadas no Estado do Paraná. Os experimentos foram instalados nos municípios de Maringá (2001/2002 e 2002/2003) e de Campo Mourão (2003/2004 e2004/2005), região Noroeste do Paraná, perfazendo um total de quatro ambientes. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos completos casualizados, com três repetições. A estabilidade foi avaliada por meio das metodologias propostas por Lin e Binns, Eskridge e Annicchiarico. Em geral, as cultivares Caipira, Fécula Branca e Amarela 2 mostraram-se mais estáveis e apresentaram elevadas médias de produção de raízes tuberosas e de índice de colheita. Estas cultivares são boas indicações para cultivo na região Noroeste do Paraná também pelos baixos níveis de HCN, reduzido tempo de cozimento e boa resistência às doenças.

The objective of this work was to study the storage roots yield and harvest index stability of 14 sweet cassava cultivars collected from Paraná State. Trials were carried out in Maringá (2001/2002 and 2002/2003) and Campo Mourão (2003/2004 and 2004/2005) counties, Northwest region of Paraná State, makinga total of four environments. Randomized complete blocks design with three replications was used. Thestability was evaluated according methods proposed by Lin e Binns, Eskridge and Annicchiarico. The Caipira, Fécula Branca and Amarela 2 cultivars were the most stable cultivars and showed high storage roots yield and harvest index averages. These cultivars may be a good crop choice in Northwestern region of Paraná State because they also presented low content of HCN, fast cooking time and high level of diseases resistance.

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