RESUMO
Transporter proteins play an essential role in the uptake, trafficking and storage of metals in plant tissues. The Natural Resistance-Associated Macrophage Protein (NRAMP) family plays an essential role in divalent metal transport. We conducted bioinformatics approaches to identify seven NRAMP genes in the Phaseolus vulgaris genome, investigated their phylogenetic relation, and performed transmembrane domain and gene/protein structure analyses. We found that the NRAMP gene family forms two distinct groups. One group included the PvNRAMP1, -6, and -7 genes that share a fragmented structure with a numerous exon/intron organization and encode proteins with mitochondrial or plastidial localization. The other group is characterized by few exons that encode cytoplasmic proteins. In addition, our data indicated that PvNRAMP6 and -7 may be involved in mineral uptake and mobilization in nodule tissues, while the genes PvNRAMP1, -2, -3, -4 and -5 are potentially recruited during plant development. This data provided a more comprehensive understanding of the role of NRAMP transporters in metal homeostasis in P. vulgaris.
RESUMO
The aim of this research paper was to characterize coagulase-positive and coagulase-negative staphylococci from raw milk, Minas cheese, and production lines of Minas cheese processing. One hundred isolates from 3 different cheese producers were characterized using molecular approaches, such as PCR, molecular typing, and DNA sequencing. Staphylococcus aureus (88% of the isolates) was the most abundant followed by Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus hyicus, and Staphylococcus warneri. Among the 22 enterotoxin genes tested, the most frequent was seh (62% of the isolates), followed by selx and ser. Hemolysin genes were widely distributed across isolates, and Panton-Valentine leukocidin and toxic shock syndrome toxin genes were also identified. Methicillin-resistant S. aureus were staphylococcal cassette chromosome mec III, IVa, IVd, and others nontypeable. In the phenotypic antibiotic resistance, multiresistant isolates were detected and resistance to penicillin was the most observed. Using spa typing, we identified several types and described a new one, t14969, isolated from cheese. These findings suggest that antibiotic resistance and potentially virulent strains from different sources can be found in the Brazilian dairy processing environment. Further research should be conducted with collaboration from regulatory agencies to develop programs of prevention of virulent and resistant strain dissemination in dairy products and the processing environment.
Assuntos
Antibacterianos/farmacologia , Queijo/microbiologia , Farmacorresistência Bacteriana Múltipla , Staphylococcus , Animais , Brasil , Farmacorresistência Bacteriana Múltipla/genética , Testes de Sensibilidade Microbiana , Leite , Staphylococcus/classificação , Staphylococcus/efeitos dos fármacos , Staphylococcus/genéticaRESUMO
The Anthropogenic Amazon Dark Earth soil is considered one of the world's most fertile soils. These soils differs from conventional Amazon soils because its higher organic content concentration. Here we describe the metagenome sequencing of microbial communities of two sites of Anthropogenic Amazon Dark Earth soils from Amazon Rainforest, Brazil. The raw sequence data are stored under Short Read Accession number: PRJNA344917.
RESUMO
Silicon has been extensively researched in relation to the response of plants to biotic and abiotic stress, as an element triggering defense mechanisms which activate the antioxidant system. Furthermore, in some species, adding silicon to unstressed plants modifies the activity of certain antioxidant enzymes participating in detoxifying processes. Thus, in this study, we analyzed the activity of antioxidant enzymes in leaves and roots of unstressed cotton plants fertilized with silicon (Si). Cotton plants were grown in hydroponic culture and added with increasing doses of potassium silicate; then, the enzymatic activity of catalase (CAT), guaiacol peroxidase (GPOX), ascorbate peroxidase (APX), and lipid peroxidation were determined. Using multivariate analysis, we found that silicon altered the activity of GPOX, APX, and CAT in roots and leaves of unstressed cotton plants, whereas lipid peroxidation was not affected. The analysis of these four variables in concert showed a clear differentiation among Si treatments. We observed that enzymatic activities in leaves and roots changed as silicon concentration increased, to stabilize at 100 and 200 mg Si L(-1) treatments in leaves and roots, respectively. Those alterations would allow a new biochemical status that could be partially responsible for the beneficial effects of silicon. This study might contribute to adjust the silicon application doses for optimal fertilization, preventing potential toxic effects and unnecessary cost.
Assuntos
Antioxidantes/metabolismo , Enzimas/metabolismo , Gossypium/efeitos dos fármacos , Gossypium/metabolismo , Silício/farmacologia , Ascorbato Peroxidases/metabolismo , Catalase/metabolismo , Hidroponia , Peroxidação de Lipídeos/efeitos dos fármacos , Análise Multivariada , Peroxidase/metabolismo , Folhas de Planta/efeitos dos fármacos , Folhas de Planta/enzimologia , Folhas de Planta/metabolismo , Raízes de Plantas/efeitos dos fármacos , Raízes de Plantas/enzimologia , Raízes de Plantas/metabolismo , Estresse FisiológicoRESUMO
Araucaria angustifolia is an important Brazilian conifer, but it is endangered of extinction due to excessive logging. The objective of the present case study was to survey data on the diversity of AMF in Araucaria angustifolia forests, and to learn whether it is possible to discriminate between the AMF communities associated with natural, introduced, and impacted-by-anthropogenic-action ecosystems. Three ecosystems representative of the Campos do Jordão (São Paulo State, Brazil) region were selected, as follows: (i) a native climax forest, with predominance of Araucaria trees, without anthropogenic interference (NF), (ii) Araucaria forest introduced in 1959 (RE), and (iii) Araucaria forest introduced in 1958, submitted to accidental fire in July 2001 (RF). Sampling of rhizosphere soil was performed at a 0-20 cm depth around each Araucaria tree, and 2 m from the trunk, in the months of May and October, 2002. AMF spores were separated from the soil, counted, and taxonomically identified, while the roots were evaluated for mycorrhizal colonization. The ecological indices R (Richness), Is (Simpson's dominance index) and H (Shannon's diversity index) were calculated. All the data were submitted to univariate (two-way ANOVA) and correspondence analysis (CA). Considering both samplings and the three areas, twenty-six AMF species were found, distributed among five genera, Acaulospora and Glomus being the most frequent ones. There were no differences among the three areas for R, Is, and H. CA demonstrated that there is a spatial separation among the three areas, and the AMF that preferentially associated with each area.
A Araucaria angustifolia é uma importante conífera brasileira, mas encontra-se ameaçada de extinção. Levantaram-se dados sobre a diversidade de fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) em florestas de Araucaria angustifolia, visando a discriminar entre as comunidades de FMAs associadas com ecossistemas natural, implantado e impactado pela ação antrópica. Foram selecionados três ecossistemas representativos da região de Campos do Jordão (estado de São Paulo), sendo: (i) Floresta nativa com predominância de araucária, em clímax, sem interferência antrópica (FN); (ii) Floresta de araucária introduzida em 1959 (RE); e (iii) Floresta de araucária introduzida em 1958, submetida a uma queima acidental em julho de 2001 (RF). As coletas de solo rizosférico foram realizadas, na profundidade 0-20 cm, ao redor de cada árvore e a 2 m do tronco, nos meses de maio e outubro de 2002. Determinaram-se a densidade, diversidade, esporulação, colonização radicular e realizou-se a identificação morfológica dos FMAs. Os índices ecológicos R (Riqueza de espécies), Is (índice de dominância de Simpson) e H (índice de diversidade de Shannon) foram calculados. Os dados foram submetidos à análise univariada (two-way ANOVA) e análise de correspondência (AC). Considerando os dois períodos de amostragem e os três ecossistemas estudados, foram identificadas 26 espécies de FMAs, sendo os gêneros Acaulospora e Glomus os mais freqüentes. Não houve diferenças para R, Is e H entre as três áreas estudadas. A AC demonstrou que houve separação espacial entre as três áreas e quais foram às espécies de FMAs preferencialmente associadas em cada área.
RESUMO
Araucaria angustifolia is an important Brazilian conifer, but it is endangered of extinction due to excessive logging. The objective of the present case study was to survey data on the diversity of AMF in Araucaria angustifolia forests, and to learn whether it is possible to discriminate between the AMF communities associated with natural, introduced, and impacted-by-anthropogenic-action ecosystems. Three ecosystems representative of the Campos do Jordão (São Paulo State, Brazil) region were selected, as follows: (i) a native climax forest, with predominance of Araucaria trees, without anthropogenic interference (NF), (ii) Araucaria forest introduced in 1959 (RE), and (iii) Araucaria forest introduced in 1958, submitted to accidental fire in July 2001 (RF). Sampling of rhizosphere soil was performed at a 0-20 cm depth around each Araucaria tree, and 2 m from the trunk, in the months of May and October, 2002. AMF spores were separated from the soil, counted, and taxonomically identified, while the roots were evaluated for mycorrhizal colonization. The ecological indices R (Richness), Is (Simpson's dominance index) and H (Shannon's diversity index) were calculated. All the data were submitted to univariate (two-way ANOVA) and correspondence analysis (CA). Considering both samplings and the three areas, twenty-six AMF species were found, distributed among five genera, Acaulospora and Glomus being the most frequent ones. There were no differences among the three areas for R, Is, and H. CA demonstrated that there is a spatial separation among the three areas, and the AMF that preferentially associated with each area.
A Araucaria angustifolia é uma importante conífera brasileira, mas encontra-se ameaçada de extinção. Levantaram-se dados sobre a diversidade de fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) em florestas de Araucaria angustifolia, visando a discriminar entre as comunidades de FMAs associadas com ecossistemas natural, implantado e impactado pela ação antrópica. Foram selecionados três ecossistemas representativos da região de Campos do Jordão (estado de São Paulo), sendo: (i) Floresta nativa com predominância de araucária, em clímax, sem interferência antrópica (FN); (ii) Floresta de araucária introduzida em 1959 (RE); e (iii) Floresta de araucária introduzida em 1958, submetida a uma queima acidental em julho de 2001 (RF). As coletas de solo rizosférico foram realizadas, na profundidade 0-20 cm, ao redor de cada árvore e a 2 m do tronco, nos meses de maio e outubro de 2002. Determinaram-se a densidade, diversidade, esporulação, colonização radicular e realizou-se a identificação morfológica dos FMAs. Os índices ecológicos R (Riqueza de espécies), Is (índice de dominância de Simpson) e H (índice de diversidade de Shannon) foram calculados. Os dados foram submetidos à análise univariada (two-way ANOVA) e análise de correspondência (AC). Considerando os dois períodos de amostragem e os três ecossistemas estudados, foram identificadas 26 espécies de FMAs, sendo os gêneros Acaulospora e Glomus os mais freqüentes. Não houve diferenças para R, Is e H entre as três áreas estudadas. A AC demonstrou que houve separação espacial entre as três áreas e quais foram às espécies de FMAs preferencialmente associadas em cada área.
RESUMO
Araucaria angustifolia (Bert.) O. Ktze. is an endangered Brazilian coniferous tree that has been almost exterminated in the native areas because of uncontrolled wood exploitation. This tree has been shown to be highly dependent on arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) and, therefore, AMF may be essential for forest sustainability and biological diversity. Root colonization, density and diversity of AMF spores were assessed in two Araucaria forest stands at the State Park of Alto Ribeira (PETAR), at two sampling dates: May and October. A comparison was made between a mature native stand composed of Araucaria trees mixed into a variety of tropical trees and shrubs, without any sign of anthropogenic interference (FN) and an Araucaria stand planted in 1987 (R), which has been used as a pasture. Assessments included percent root colonization, AMF spore numbers and species richness, Simpson's dominance index (Is), and Shannon's diversity index (H). Mycorrhizal root colonization did not differ between ecosystems in May. In October, however, the native stand (FN) presented a higher colonization than the planted forest (R), and the root colonization was more intense than in May. When considering both sampling periods and forests, 27 species of AM fungi, with higher numbers of spores in FN than in R were found. Canonical discriminant analysis (CDA) indicated Shannon's diversity index as the ecological attribute that contributed the most to distinguish between forest ecosystems, with higher value of H in FN in relation to R. CDA showed to be a useful tool for the study of ecological attributes.
O pinheiro brasileiro, Araucaria angustifolia (Bert.) O. Ktze é uma espécie arbórea ameaçada de extinção, quase exterminada pela exploração descontrolada de madeira. Essa espécie demonstra alta dependência de fungos micorrízicos arbusculares (FMA), de grande importância para a estabilidade do ecossistema e manutenção da biodiversidade. Avaliou-se a colonização radicular, a densidade e a diversidade de esporos de FMA em duas florestas com araucária, distintas no processo sucessional, em duas épocas de amostragem: maio e outubro. As florestas, localizadas no Parque Estadual Turístico do Alto do Ribeira (PETAR), correspondem a 1) Floresta Ombrófila Mista nativa (FN), em estágio clímax, sem sinais de interferência antrópica, e a 2) floresta de araucária plantada em 1987 (R), submetida a pastoreio. Foram avaliados: colonização radicular, número de esporos e riqueza de espécies de FMA e calculados os índices de dominância de Simpson (Is) e de diversidade de Shannon (H). A colonização radicular não diferiu entre as duas comunidades na primeira amostragem (maio). Na segunda amostragem (outubro), houve maior colonização radicular na floresta nativa do que na floresta plantada e a colonização radicular foi mais intensa em comparação com as coletas de maio. No total, foram encontradas 27 espécies de FMA, com maior número de esporos em FN em relação a R. A análise canônica discriminante (ACD) indicou que o índice de diversidade de Shannon foi o atributo ecológico que mais contribuiu para distinguir os dois ecossistemas florestais, com altos valores de H para FN em relação a R. ACD mostrou ser importante ferramenta para o estudo dos atributos ecológicos.
RESUMO
Strains of Xylella fastidiosa from several hosts (coffee, citrus, grape, almond, oleander, peach, plum, etc.) were characterized by analyzing the content of the nucleotide sequences of 16S-23S rDNA (coding for a small subunit ribosomal RNA) spacer region (ITS). Current methods for sequencing the ITS region yields partial sequences that do not contribute with significant information. According to this fact, new primers have been designed in order to obtain a complete sequence and facilitate the sequencing. The complete 16S-23S sequences from 08 strains were amplified through PCR using the primers designed in our lab. The 16S-23S sequences obtained were compared with 52 others sequences entries in GenBank database. The results revealed a higher level of variation than that found in 16S gene sequences, with similarity values ranging from 0.79-1.00. The dendogram based on similarity data revealed 5 main groups. This spacer sequence contains two genes for tRNA (tRNAala and tRNAile). The sequence analysis of the tRNA content showed a conserved region with a few differences in the nucleotide composition.
Linhagens de Xylella fastidiosa de diferentes hospedeiros (café, uva, amêndoa, ameixa, etc.) foram caracterizados analisando as sequências de nucleotídeos do espaço intergênico 16S-23S (ITS). Os métodos atuais para o sequenciamento da região ITS produzem fragmentos parciais das sequências que não contribuem com informações significantes. Em vista disso, novos primers foram desenhados a fim de obter uma sequência completa e facilitar o sequenciamento. A sequencia completa da região ITS de 08 linhagens de X. Fastidiosa foram amplificadas via PCR, sequenciadas e comparadas com outras 52 sequencias depositadas no GenBank. Os resultados revelaram um alto nível de variação sendo maior que os níveis encontrados quando se utiliza o gene 16S para este tipo de análise, com valores variando entre 0.79 a 1.00. O dendograma baseado em dados de similaridade agrupou as linhagens de X. fastidiosa em 5 grupos principais. Duas sequencias codificadoras de tRNA's foram encontradas (tRNAala e tRNAile) e mostram-se conservadas entre as linhagens analisadas com pouca diferença entre a composição nucleotídica.
RESUMO
Araucaria angustifolia (Bert.) O. Ktze. is an endangered Brazilian coniferous tree that has been almost exterminated in the native areas because of uncontrolled wood exploitation. This tree has been shown to be highly dependent on arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) and, therefore, AMF may be essential for forest sustainability and biological diversity. Root colonization, density and diversity of AMF spores were assessed in two Araucaria forest stands at the State Park of Alto Ribeira (PETAR), at two sampling dates: May and October. A comparison was made between a mature native stand composed of Araucaria trees mixed into a variety of tropical trees and shrubs, without any sign of anthropogenic interference (FN) and an Araucaria stand planted in 1987 (R), which has been used as a pasture. Assessments included percent root colonization, AMF spore numbers and species richness, Simpson's dominance index (Is), and Shannon's diversity index (H). Mycorrhizal root colonization did not differ between ecosystems in May. In October, however, the native stand (FN) presented a higher colonization than the planted forest (R), and the root colonization was more intense than in May. When considering both sampling periods and forests, 27 species of AM fungi, with higher numbers of spores in FN than in R were found. Canonical discriminant analysis (CDA) indicated Shannon's diversity index as the ecological attribute that contributed the most to distinguish between forest ecosystems, with higher value of H in FN in relation to R. CDA showed to be a useful tool for the study of ecological attributes.
O pinheiro brasileiro, Araucaria angustifolia (Bert.) O. Ktze é uma espécie arbórea ameaçada de extinção, quase exterminada pela exploração descontrolada de madeira. Essa espécie demonstra alta dependência de fungos micorrízicos arbusculares (FMA), de grande importância para a estabilidade do ecossistema e manutenção da biodiversidade. Avaliou-se a colonização radicular, a densidade e a diversidade de esporos de FMA em duas florestas com araucária, distintas no processo sucessional, em duas épocas de amostragem: maio e outubro. As florestas, localizadas no Parque Estadual Turístico do Alto do Ribeira (PETAR), correspondem a 1) Floresta Ombrófila Mista nativa (FN), em estágio clímax, sem sinais de interferência antrópica, e a 2) floresta de araucária plantada em 1987 (R), submetida a pastoreio. Foram avaliados: colonização radicular, número de esporos e riqueza de espécies de FMA e calculados os índices de dominância de Simpson (Is) e de diversidade de Shannon (H). A colonização radicular não diferiu entre as duas comunidades na primeira amostragem (maio). Na segunda amostragem (outubro), houve maior colonização radicular na floresta nativa do que na floresta plantada e a colonização radicular foi mais intensa em comparação com as coletas de maio. No total, foram encontradas 27 espécies de FMA, com maior número de esporos em FN em relação a R. A análise canônica discriminante (ACD) indicou que o índice de diversidade de Shannon foi o atributo ecológico que mais contribuiu para distinguir os dois ecossistemas florestais, com altos valores de H para FN em relação a R. ACD mostrou ser importante ferramenta para o estudo dos atributos ecológicos.
RESUMO
Araucaria angustifolia (Bert.) O. Ktze., a native forest tree from Brazil, is under extinction risk. This tree depends on arbuscular mycorrhizal fungi for growth and development, especially in tropical low-P soils but, despite being a conifer, Araucaria does not form ectomycorrhiza, but only the arbuscular endomycorrhiza. This study aimed at surveying data on the spore density and root colonization (CR) by arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) in Araucaria angustifolia forest ecosystems, in order to discriminate natural, implemented, and anthropic action-impacted ecosystems, by means of Canonical Discriminant Analysis (CDA). Three ecosystems representative of the Campos do Jordão (SP, Brazil) region were selected: 1. a native forest (FN); 2. a replanted Araucaria forest (R); and 3. a replanted Araucaria forest, submitted to accidental fire (RF). Rhizosphere soil and roots were sampled in May and October, 2002, for root colonization, AMF identification, and spores counts. Root percent colonization rates at first collection date were relatively low and did not differ amongst ecosystems. At the second period, FN presented higher colonization than the other two areas, with much higher figures than during the first period, for all areas. Spore density was lower in FN than in the other areas. A total of 26 AMF species were identified. The percent root colonization and spore numbers were inversely related to each other in all ecosystems. CDA indicated that there is spatial distinction among the three ecosystems in regard to the evaluated parameters.
A Araucaria angustifolia (Bert.) O. Ktze. é uma espécie florestal nativa do Brasil e encontra-se ameaçada de extinção. É altamente dependente de fungos micorrízicos arbusculares para seu desenvolvimento, principalmente em solos com baixos teores de fósforo. Embora sendo uma conífera, esta árvore não forma ectomicorriza, mas sim a endomicorriza arbuscular. O presente estudo teve como objetivo levantar dados sobre a densidade de esporos e a colonização radicular de fungos micorrízicos arbusculares (FMAs) em ecossistemas florestais de Araucaria angustifolia, visando discriminar os ecossistemas natural, implantado e impactado pela ação antrópica, através da Análise Canônica Discriminante (ACD). Foram selecionados três ecossistemas representativos da região de Campos do Jordão (SP): 1. floresta nativa (FN); 2. floresta replantada de araucária (R); e 3. floresta replantada de araucária, submetida a uma queima acidental (RF). As coletas de solo rizosférico e de raízes foram realizadas em maio e outubro de 2002. Determinaram-se a densidade de esporos, taxa de colonização radicular e identificaram-se os gêneros de FMAs presentes. O número de esporos na FN foi sempre inferior aos reflorestamentos. Foram identificadas ao todo 26 espécies de FMAs. A colonização radicular na primeira coleta apresentou valores os quais não diferiram entre as três áreas estudadas. Entretanto, na segunda coleta, a FN apresentou plantas com maior valor de colonização que aquelas dos reflorestamentos, sendo todos os valores superiores aos encontrados na primeira coleta. Houve uma relação inversa entre colonização e número de esporos em todas as áreas. Ocorreu uma separação espacial entre as três áreas de estudo, baseada em análise canônica discriminante das variáveis estudadas.