RESUMO
Higher accessibility and decreasing costs of next generation sequencing (NGS), availability of commercial kits, and development of dedicated analysis pipelines, have allowed an increasing number of laboratories to adopt this technology for HIV drug resistance (HIVDR) genotyping. Conventional HIVDR genotyping is traditionally carried out using population-based Sanger sequencing, which has a limited capacity for reliable detection of variants present at intra-host frequencies below a threshold of approximately 20%. NGS has the potential to improve sensitivity and quantitatively identify low-abundance variants, improving efficiency and lowering costs. However, some challenges exist for the standardization and quality assurance of NGS-based HIVDR genotyping. In this paper, we highlight considerations of these challenges as related to laboratory, clinical, and implementation of NGS for HIV drug resistance testing. Several sources of variation and bias occur in each step of the general NGS workflow, i.e., starting material, sample type, PCR amplification, library preparation method, instrument and sequencing chemistry-inherent errors, and data analysis options and limitations. Additionally, adoption of NGS-based HIVDR genotyping, especially for clinical care, poses pressing challenges, especially for resource-poor settings, including infrastructure and equipment requirements and cost, logistic and supply chains, instrument service availability, personnel training, validated laboratory protocols, and standardized analysis outputs. The establishment of external quality assessment programs may help to address some of these challenges and is needed to proceed with NGS-based HIVDR genotyping adoption.
Assuntos
Fármacos Anti-HIV/farmacologia , Farmacorresistência Viral , Infecções por HIV/virologia , HIV-1/efeitos dos fármacos , HIV-1/genética , Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala , Animais , Avaliação Pré-Clínica de Medicamentos , Genótipo , Infecções por HIV/tratamento farmacológico , HIV-1/isolamento & purificação , HIV-1/fisiologia , HumanosRESUMO
Background: Few data on HIV resistance in pregnancy are available from Mozambique, one of the countries with the highest HIV toll worldwide. Understanding the patterns of HIV drug resistance in pregnant women might help in tailoring optimal regimens for prevention of mother to child transmission of HIV (pMTCT) and antenatal care. Objectives: To describe the frequency and characteristics of HIV drug resistance mutations (HIVDRM) in pregnant women with virological failure at delivery, despite pMTCT or antiretroviral therapy (ART). Methods: Samples from HIV-infected pregnant women from a rural area in southern Mozambique were analysed. Only women with HIV-1 RNA >400c/mL at delivery were included in the analysis. HIVDRM were determined using MiSeq® (detection threshold 1%) at the first antenatal care (ANC) visit and at the time of delivery. Results: Ninety and 60 samples were available at the first ANC visit and delivery, respectively. At first ANC, 97% of the women had HIV-1 RNA>400c/mL, 39% had CD4+ counts <350 c/mm3 and 30% were previously not on ART. Thirteen women (14%) had at least one HIVDRM of whom 70% were not on previous ART. Eight women (13%) had at least one HIVDRM at delivery. Out of 37 women with data available from the two time points, 8 (21%) developed at least one new HIVDRM during pMTCT or ART. Twenty seven per cent (53/191), 32% (44/138) and 100% (5/5) of the mutations that were present at enrolment, delivery and that emerged during pregnancy, respectively, were minority mutations (frequency <20%). Conclusions: Even with ultrasensitive HIV-1 genotyping, less than 20% of women with detectable viremia at delivery had HIVDRM before initiating pMTCT or ART. This suggests that factors other than pre-existing resistance, such as lack of adherence or interruptions of the ANC chain, are also relevant to explain lack of virological suppression at the time of delivery in women receiving antiretrovirals drugs during pregnancy.
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Humanos , Feminino , Gravidez , Adulto , Complicações Infecciosas na Gravidez/tratamento farmacológico , Infecções por HIV/tratamento farmacológico , Fármacos Anti-HIV/administração & dosagem , Cuidado Pré-Natal/métodos , HIV-1/química , Transmissão Vertical de Doenças Infecciosas/prevenção & controle , Contagem de Linfócito CD4/métodos , Farmacorresistência Viral , Farmacorresistência Viral/efeitos dos fármacos , MoçambiqueRESUMO
We aimed to study epidemic trends and predictors for transmitted drug resistance (TDR) in our region, its clinical impact and its association with transmission clusters. We included 778 patients from the AIDS Reference Center in Leuven (Belgium) diagnosed from 1998 to 2012. Resistance testing was performed using population-based sequencing and TDR was estimated using the WHO-2009 surveillance list. Phylogenetic analysis was performed using maximum likelihood and Bayesian techniques. The cohort was predominantly Belgian (58.4%), men who have sex with men (MSM) (42.8%), and chronically infected (86.5%). The overall TDR prevalence was 9.6% (95% confidence interval (CI): 7.7-11.9), 6.5% (CI: 5.0-8.5) for nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTI), 2.2% (CI: 1.4-3.5) for non-NRTI (NNRTI), and 2.2% (CI: 1.4-3.5) for protease inhibitors. A significant parabolic trend of NNRTI-TDR was found (pâ=â0.019). Factors significantly associated with TDR in univariate analysis were male gender, Belgian origin, MSM, recent infection, transmission clusters and subtype B, while multivariate and Bayesian network analysis singled out subtype B as the most predictive factor of TDR. Subtype B was related with transmission clusters with TDR that included 42.6% of the TDR patients. Thanks to resistance testing, 83% of the patients with TDR who started therapy had undetectable viral load whereas half of the patients would likely have received a suboptimal therapy without this test. In conclusion, TDR remained stable and a NNRTI up-and-down trend was observed. While the presence of clusters with TDR is worrying, we could not identify an independent, non-sequence based predictor for TDR or transmission clusters with TDR that could help with guidelines or public health measures.
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Farmacorresistência Viral/genética , Infecções por HIV/epidemiologia , Infecções por HIV/virologia , HIV-1/genética , Adulto , Idoso , Fármacos Anti-HIV/farmacologia , Fármacos Anti-HIV/uso terapêutico , Bélgica/epidemiologia , Análise por Conglomerados , Feminino , Genótipo , Infecções por HIV/tratamento farmacológico , Infecções por HIV/transmissão , HIV-1/efeitos dos fármacos , Humanos , Masculino , Testes de Sensibilidade Microbiana , Pessoa de Meia-Idade , Gravidez , Prevalência , Vigilância em Saúde Pública , Estudos Retrospectivos , Fatores de Risco , Adulto JovemRESUMO
Las lesiones cervicales no cariosas pueden necesitar ser restauradas debido a: erosión, abrasión, abfracción, asociados a hipersensibilidad. Nuevos materiales, como los ionómeros de vidrio, ionorresinas (modificados con resina) y la última generación de agentes de enlace, están disponibles para aumentar las opciones restauradoras disminuyendo la concentración de estrés e inhibiendo el efecto de corrosión por estrés en estas áreas. También se debe complementar la terapéutica con corrección y/o modificación de las técnicas de cepillado traumatizante, factores dietéticos con predominio ácido, trastornos gastrointestinales, maloclusión, parafunción, entre otros. Se espera que el desarrollo futuro de materiales dentales y la información proveniente de los experimentos clínicos controlados, modifiquen más adelante el diagnóstico y tratamiento de las lesiones cervicales no cariosas.
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Humanos , Cárie RadicularRESUMO
El estudio fue realizado en el Hospital II EsSalud "Gustavo Lanatta Luján" Huacho. Provincia de Huaura. Entre los meses de Mayo a Septiembre, para determinar la prevalencia y distribución de las lesiones cervicales no cariosas (Abfracciones). El presente estudio comprendió a 31 pacientes (18 varones y 13 mujeres) 728 dientes evaluados de los cuales 181 estuvieron afectados. Entre 29 a 87 años de edad que asistieron al Departamento de Odontología del Hospital. El exámen fue realizado por un odontólogo del Servicio. Los datos de cada paciente fueron anotados en una ficha odontológica ad-hoc, para la determinación de las diversas variables del estudio, prevalencia según el grupo de edad y sexo, tipo de dientes afectados, distribución de la lesión. Resultados: Existe una mayor prevalencia en el sexo masculino 58.07 por ciento versus 41.93 por ciento del sexo femenino. La prevalencia de las LCNC en la población estudiada fue 24.90 por ciento, 52.48 por ciento estuvo afectado en el lado derecho, 70.16 por ciento estuvo representada por premolares afectadas, 61.30 por ciento tuvo problemas de sensibilidad relacionadas con los dientes afectados.
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Masculino , Feminino , Adulto , Pessoa de Meia-Idade , Idoso , Humanos , Cárie Radicular , Prevalência , Epidemiologia Descritiva , Estudos Prospectivos , Estudos TransversaisRESUMO
Objetivo: determinar el valor predictivo positivo del CA-125, ultrasonografía pélvica y estado menopáusico, y la asociación de éstos como predictores de malignidad ovárica. Material y Métodos: Estudio transversal, descriptivo y prospectivo efectuado en el Hospital Guillermo Almenara (julio-diciembre 1996). Se evalúan pacientes con diagnóstico preoperatorio de tumor ovárico y se determinan el indice morfológico (IM) de la Universidad de Kentucky (menor o mayor 5), el CA-125 sérico (menor 0 mayor 35 U/ml), la edad (menor 0 mayor 48a) y el diagnóstico histológico de los tumores pélvicos. Resultados: Se registraron 86 casos (63 benignos y 23 malignos) predominando los tumores serosos. El VPP fue 0.426 para el IM, 0.615 para el CA-125, 0889 para asociación IM mas CA-125, y cuando además se asoció el estado menopáusico, IM+CA-125+Em, el VPP fue 1.000. Discusión: Los tumores ováricos con IM menor 5 fueron y aquellos con IM mayor 5 sólo 42.6 por ciento fueron malignos (VPP:0.426). El VPP del CA-125 mejoró cuando éste se asoció al IM: 0.889. El estado menopáusico (edad) mejora aún más su valor predictivo. Conclusiones: 1. El IM tuvo un VPP menor que el del CA-125. 2. Con la asociación de éstos se mejora el VPP (se disminuye la tasa de falsos positivos). 3. La asociación IM+CA-125+EM optimiza el VPP alcanzando el 100 por ciento permitiendo diferenciar los tumores ováricos benignos. 4. Los predictores de malignidad ovárica son óptimos cuando éstos se asocian.
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Humanos , Masculino , Feminino , Adulto , Adolescente , Pessoa de Meia-Idade , Neoplasias Ovarianas , Menopausa , Ultrassonografia , Estudos Transversais , Estudos Prospectivos , Epidemiologia DescritivaRESUMO
Objetivo: Determinar cuán frecuente es el cáncer ginecológico durante la perimenopausia, y luego determinar qué tipos de cáncer puedan beneficiarse más con el despistaje en esta etapa. Material y métodos: Se determina la frecuencia de los diferentes tipos de cáncer ginecológico en pacientes entre los 45 y 50 años que acuerden a la Unidad de Oncología Ginecológica del Hospital Guillermo Almenara. Resultados: El cáncer de mama y del ovario son diagnosticados con más frecuencia durante la perimenopausia y el cáncer de cérvix 5 años después. En el período postreproductivo la frecuencia del cáncer de cervix, mama y ovario fue 64,5 por ciento, 63,6 por ciento y 64,3 por ciento, respectivamente. El cáncer de endometrio es diagnosticado con más frecuencia una década después de la perimenopausia. Todas las pacientes con cáncer de vulva (100 por ciento) son diagnosticados durante la posmenopausia. Conclusión: Durante la perimenopausia, etapa en la que las pacientes actualmente acuden con mayor frecuencia por las manifestaciones climatéricas, se debe efectuar un adecuado y obligatorio despistaje o diagnóstico del cáncer ginecológico.
OBJECTIVE: To determine the frequency of gynecological cancer during perimenopause, and then establish which types of cancer can benefit with cancer screening. MATERIAL AND METHODS: Age andfrequency oftervix, breast, ovary, endometrium and vulvar cancer were determined inpatients between 45 and 50 years at Guillermo Almenara Hospital. RESULTS: Mammarian and ovarian cancer were diagnosed predominantly during the Perimenopause and cervical cancer was diagnosed 5 years later. In thepostreproductive period the agefrequency of cervical, mammary and ojorumv cancer were 64,5%, 63,6%; and 64,3%, respectively. Endometrium cancer was diagnosed one decade later. All patients with vulvar cancer (100%) were posmenopausal. CONCLUSION: Gynecological cancer must be diagnosed during the perimenopause when consultation about climacteric symptoms increase.
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Feminino , Humanos , Pessoa de Meia-Idade , Neoplasias dos Genitais Femininos , PerimenopausaRESUMO
Es un estudio prospectivo sobre cirugía laparoscópica vs. laparotomía en el manejo de tumor ovárico en 166 pacientes que acudieron al Servicio de Ginecología del Hospital Guillermo Almenara Irigoyen-IPSS entre 1994 y 1996, en quienes se efectuó laparotomía ó laparoscopía según la predicción de malignidad de acuerdo a los siguientes criterios: edad, exámen pélvico, ultrasonido y el CA-125. En el grupo de mujeres premenopáusicas (edad reproductiva) se encontró cáncer ovárico en 1/108 (0.9 por ciento) laparoscopías y en 17/23 (74 por ciento) laparotomías, constituyendo la laparoscopía una buena alternativa quirúrgica para el manejo de tumor ovárico, recomendando el uso del CA-125 en las postmenopáusicas.