RESUMO
Stopping the spread of coronavirus disease 2019 (COVID-19) is critical and can be achieved through rapid and effective detection techniques. Our objective was to compare the diagnostic accuracy of rapid antigen tests (RAgT) and reverse transcriptionquantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) and to describe amplification cycle thresholds (Cts). Participants were children aged 1 month to 11 years with symptoms for less than 7 days, who did not have a detectable result in the past 90 days, and were immunocompetent. A total of 1855 patients were included; the prevalence of COVID-19 was 4.7%. For the RAgT, overall sensitivity was 60.2% and specificity, 99.8%; in children older than 5 years, values were 69.8% and 99.8%, respectively. Ct values for discordant samples were higher. To conclude, the diagnostic accuracy indicated that the specificity of RAgT is similar to that of RT-qPCR, but its sensitivity is notably lower, especially in children younger than 5 years.
Frenar la propagación de la enfermedad por el coronavirus 2019 (COVID-19, por su sigla en inglés) es fundamental, y se puede realizar mediante técnicas de detección rápidas y efectivas. El objetivo fue comparar la precisión diagnóstica de un test rápido de antígeno (TRAg,) con la reacción en cadena de polimerasa con retrotranscripción (RT-qPCR, por su sigla en inglés) y describir los umbrales de amplificación (Ct, por su sigla en inglés). Participaron niños de 1 mes a 11 años que tuvieran menos de 7 días de síntomas, sin resultado detectable en los últimos 90 días, e inmunocompetentes. Se incluyeron 1855 pacientes con una prevalencia de COVID-19 del 4,7 %. La sensibilidad global del TRAg fue del 60,2 % y su especificidad, del 99,8 %; en niños mayores de 5 años los valores fueron de 69,8 % y 99,8 %, respectivamente. Los valores de Ct de las muestras discordantes fueron más altos. En conclusión, la precisión diagnóstica muestra que TRAg tiene una especificidad similar a la RT-qPCR, pero una sensibilidad considerablemente menor, sobre todo en niños de menos de 5 años.
Assuntos
COVID-19 , SARS-CoV-2 , COVID-19/diagnóstico , Teste para COVID-19 , Criança , Pré-Escolar , Técnicas de Laboratório Clínico/métodos , Humanos , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real , Sensibilidade e EspecificidadeRESUMO
Frenar la propagación de la enfermedad por el coronavirus 2019 (COVID-19, por su sigla en inglés) es fundamental, y se puede realizar mediante técnicas de detección rápidas y efectivas. El objetivo fue comparar la precisión diagnóstica de un test rápido de antígeno (TRAg,) con la reacción en cadena de polimerasa con retrotranscripción (RT-qPCR, por su sigla en inglés) y describir los umbrales de amplificación (Ct, por su sigla en inglés). Participaron niños de 1 mes a 11 años que tuvieran menos de 7 días de síntomas, sin resultado detectable en los últimos 90 días, e inmunocompetentes. Se incluyeron 1855 pacientes con una prevalencia de COVID-19 del 4,7 %. La sensibilidad global del TRAg fue del 60,2 % y su especificidad, del 99,8 %; en niños mayores de 5 años los valores fueron de 69,8 % y 99,8 %, respectivamente. Los valores de Ct de las muestras discordantes fueron más altos. En conclusión, la precisión diagnóstica muestra que TRAg tiene una especificidad similar a la RT-qPCR, pero una sensibilidad considerablemente menor, sobre todo en niños de menos de 5 años.
Stopping the spread of coronavirus disease 2019 (COVID-19) is critical and can be achieved through rapid and effective detection techniques. Our objective was to compare the diagnostic accuracy of rapid antigen tests (RAgT) and reverse transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) and to describe amplification cycle thresholds (Cts). Participants were children aged 1 month to 11 years with symptoms for less than 7 days, who did not have a detectable result in the past 90 days, and were immunocompetent. A total of 1855 patients were included; the prevalence of COVID-19 was 4.7%. For the RAgT, overall sensitivity was 60.2% and specificity, 99.8%; in children older than 5 years, values were 69.8% and 99.8%, respectively. Ct values for discordant samples were higher. To conclude, the diagnostic accuracy indicated that the specificity of RAgT is similar to that of RT-qPCR, but its sensitivity is notably lower,especially in children younger than 5 years.
Assuntos
Humanos , Lactente , Pré-Escolar , Criança , SARS-CoV-2 , COVID-19/diagnóstico , Estudos Transversais , Sensibilidade e Especificidade , Técnicas de Laboratório Clínico/métodos , Reação em Cadeia da Polimerase em Tempo Real , Teste para COVID-19RESUMO
Abstract Human parechovirus (HPeV) is one of the members of the family Picornaviridae that has been associated with fever of unknown origin, gastroenteritis, clinical sepsis, meningitis, orencephalitis in very young infants. HPeV detection is not routinely performed in most clinical microbiology laboratories in Argentina and, therefore, its real prevalence is unknown. We here report three cases of HPeV CNS infection that presented to our hospital with different clinical features after the implementation of a multiplex PCR meningitis/encephalitis panel. Molecular diagnostic techniques could help improve patient care and understand the real prevalence of this infection in Argentina.
Resumen Los parechovirus humanos (HPeV) son virus de la familia Picornaviridae, que se han asociado a diferentes cuadros clínicos, como fiebre de origen desconocido, gastroenteritis, sepsis, meningitis o encefalitis en ninos pequeños. Su detección no está disponible de rutina en la mayoría de los laboratorios de nuestro país, por lo que su prevalencia es desconocida. Reportamos 3 casos de infección del sistema nervioso central por HPeV con diferentes características clínicas, que se presentaron luego de la implementación de un panel molecular para el diagnóstico sindrómico de meningitis/encefalitis. Las técnicas de diagnóstico molecular podrían ayudar a mejorar el abordaje y el cuidado de estos pacientes, así como también a conocer la prevalencia de esta infección en Argentina.
RESUMO
Human parechovirus (HPeV) is one of the members of the family Picornaviridae that has been associated with fever of unknown origin, gastroenteritis, clinical sepsis, meningitis, or encephalitis in very young infants. HPeV detection is not routinely performed in most clinical microbiology laboratories in Argentina and, therefore, its real prevalence is unknown. We here report three cases of HPeV CNS infection that presented to our hospital with different clinical features after the implementation of a multiplex PCR meningitis/encephalitis panel. Molecular diagnostic techniques could help improve patient care and understand the real prevalence of this infection in Argentina.
Assuntos
Parechovirus , Infecções por Picornaviridae , Sepse , Argentina , Criança , Humanos , Lactente , Técnicas de Diagnóstico Molecular , Parechovirus/genética , Infecções por Picornaviridae/diagnóstico , Infecções por Picornaviridae/epidemiologia , Sepse/diagnóstico , Sepse/epidemiologiaRESUMO
Resumen Las infecciones de las vías respiratorias inferiores se encuentran entre aquellas en las que el uso inadecuado de antimicrobianos es frecuente, por lo que es fundamental contar con una prueba diagnóstica rápida, sensible y específica. El sistema de FilmArray es un análisis de PCR múltiple con un panel de neumonía que incluye 26 microorganismos y 7 marcadores de resistencia antimicrobiana. Los objetivos de este estudio fueron: a) establecer la correlación entre los cultivos cuantitativos para agentes bacterianos de muestras de vías respiratorias inferiores (MRVB) y la detección fenotípica de mecanismos de resistencia con los correspondientes resultados de FilmArray; b) determinar el cambio terapéutico generado con el informe del resultado inmediato. Se incluyó un total de 194 MRVB correspondientes a 191 pacientes con neumonía y se documentaron 277 bacterias. FilmArray identificó 253/277 (91%) bacterias y 161/277 (58%) se aislaron del cultivo, 58 (23%) coincidieron con el mismo recuento, 116 (46,7%) dieron mayores recuentos con FilmArray y 72 (28,9%) fueron detectadas por este método pero el cultivo fue negativo. Se detectaron marcadores de resistencia antimicrobiana en 63 aislados, pero solo 28 fueron confirmados por métodos fenotípicos. Estos resultados podrían haber provocado cambios en el tratamiento antibiótico en el 74,6% (174/194). FilmArray es una herramienta útil para optimizar el tratamiento antimicrobiano en pacientes con neumonía.
Abstract Lower respiratory tract infections are among those in which the inappropriate use of antimicrobials is common, so it is essential to have a rapid, sensitive and specific diagnostic test. The FilmArray system is a multiplex PCR assay with a pneumonia panel that includes 26 microorganisms and 7 antibiotic resistance markers. The objectives of this study were: a) to establish the correlation between quantitative cultures for bacterial agents from lower respiratory tract samples (MRVB) and the phenotypic detection of resistance mechanisms with the corresponding results of FilmArray b) to determine the therapeutic change generated with the immediate result report. A total of 194 MRVB corresponding to 191 patients with pneumonia were included and 277 bacterial strains were documented. FilmArray identified 253/277 (91%) bacteria and 161/277 (58%) were isolated from culture, 58 (23%) matched the same count, 116 (46.7%) yielded higher counts with FilmArray, and 72 (28.9%) with negative culture were detected by this method. Antibiotic resistance markers were detected in 63 strains, but only 28 were confirmed by phenotypic methods. These results may cause changes in the antimicrobial treatment in 74.6% (174/194). FilmArray is a useful tool to optimize antimicrobial therapy in patients with pneumonia.
Resumo As infecções do trato respiratório inferior estão entre aquelas em que o uso inadequado de antimicrobianos é comum, por isso é essencial um teste diagnóstico rápido, sensível e específico. O sistema FilmArray é um ensaio de PCR multiplo com um painel de pneumonia que inclui 26 microrganismos e 7 marcadores de resistência antimicrobiana. Os objetivos deste estudo foram: a) estabelecer a correlação entre as culturas quantitativas de agentes bacterianos de amostras do trato respiratório inferior (MRVB) e a detecção fenotípica de mecanismos de resistência com os resultados correspondentes do FilmArray b) determinar a alteração terapêutica gerada com o relatório de resultado imediato. Um total de 194 MRVB correspondendo a 191 pacientes com pneumonia foram incluídos e 277 cepas bacterianas foram documentadas. FilmArray identificou 253/277 (91%) bactérias e 161/277 (58%) foram isoladas da cultura, 58 (23%) coincidiram com mesma contagem, 116 (46,7%) deram contagens mais altas com FilmArray e 72 (28,9%) foram detectados por este método, mas a cultura foi negativa. Marcadores de resistência antimicrobiana foram detectados em 63 cepas, mas apenas 28 foram confirmados por métodos fenotípicos. Esses resultados puderam causar alterações no tratamento antibiótico em 74,6% (174/194). FilmArray é uma ferramenta útil para otimizar a terapia antimicrobiana em pacientes com pneumonia..
Assuntos
Pneumonia/diagnóstico , Infecções/diagnóstico , Anti-Infecciosos/administração & dosagem , Resistência das Vias RespiratóriasRESUMO
The glycogen storage diseases contain a range of diseases that are characterized by the abnormal storage or utilization of glycogen, the organs most affected being muscle and / or liver. Hepatomegaly may be a clinical sign that could guide to the diagnosis. We describe a 15-year-old patient with hepatomegaly, hypertransaminasemia and growth retardation. He was diagnosed with a glycogen storage disease by liver biopsy.
Assuntos
Doença de Depósito de Glicogênio/diagnóstico , Hepatopatias/diagnóstico , Adolescente , Doença de Depósito de Glicogênio/fisiopatologia , Hepatomegalia/diagnóstico , Hepatomegalia/etiologia , Humanos , Hepatopatias/fisiopatologia , MasculinoRESUMO
Oropouche virus (OROV) is responsible for outbreaks of Oropouche fever in parts of South America. We recently identified and isolated OROV from a febrile Ecuadorian patient, however, a previously published qRT-PCR assay did not detect OROV in the patient sample. A primer mismatch to the Ecuadorian OROV lineage was identified from metagenomic sequencing data. We report the optimisation of an qRT-PCR assay for the Ecuadorian OROV lineage, which subsequently identified a further five cases in a cohort of 196 febrile patients. We isolated OROV via cell culture and developed an algorithmically-designed primer set for whole-genome amplification of the virus. Metagenomic sequencing of the patient samples provided OROV genome coverage ranging from 68-99%. The additional cases formed a single phylogenetic cluster together with the initial case. OROV should be considered as a differential diagnosis for Ecuadorian patients with febrile illness to avoid mis-diagnosis with other circulating pathogens.
Assuntos
Infecções por Bunyaviridae/virologia , Orthobunyavirus/isolamento & purificação , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa/métodos , Infecções por Bunyaviridae/diagnóstico , Estudos de Coortes , Equador , Genoma Viral , Humanos , Metagenoma , Orthobunyavirus/classificação , Orthobunyavirus/genética , Filogenia , RNA Viral/genéticaRESUMO
RESUMEN Las glucogenosis abarcan un rango de enfermedades que se caracterizan por el almacenamiento o utilización anormal del glucógeno, siendo los órganos más afectados el músculo y/o el hígado. La hepatomegalia puede ser un signo clínico que guie al diagnóstico. Describimos a un paciente de 15 años de edad con hepatomegalia, hipertransaminasemia y retraso del crecimiento, a quien se le diagnosticó glucogenosis por biopsia hepática.
ABSTRACT The glycogen storage diseases contain a range of diseases that are characterized by the abnormal storage or utilization of glycogen, the organs most affected being muscle and / or liver. Hepatomegaly may be a clinical sign that could guide to the diagnosis. We describe a 15-year-old patient with hepatomegaly, hypertransaminasemia and growth retardation. He was diagnosed with a glycogen storage disease by liver biopsy.
Assuntos
Adolescente , Humanos , Masculino , Doença de Depósito de Glicogênio/diagnóstico , Hepatopatias/diagnóstico , Doença de Depósito de Glicogênio/fisiopatologia , Hepatomegalia/diagnóstico , Hepatomegalia/etiologia , Hepatopatias/fisiopatologiaRESUMO
La seguridad del paciente es una de las dimensiones de la atención. Los avances médicos han tornado los procesos de atención cada vez más complejos, y, usualmente, hay una conjunción de circunstancias que confluyen para que ocurran errores. Los eventos adversos constituyen un problema grave de salud pública al ocasionar daños de diversos grados al paciente y a su familia, lo cual, además, lleva a incrementar el costo del proceso de atención y la estancia hospitalaria.La mayoría de los eventos adversos se producen en los hospitales, ya que, por su complejidad, su población está sometida a un mayor riesgo asociado a la atención. Se presenta este consenso con el objetivo de ofrecer herramientas cuya implementación contribuya a brindar una atención más segura.
Patient safety is one of the dimensions of care. Medical advances have made assistance processes more and more complex, and there isusually a combination of circumstances that converge for errors to occur. Adverse events constitute a serious public health problem, causing damages of varying degrees to the patient and his family, which also leads to an increase in the cost of the care process and hospital stay. Most of the adverse events occur in hospitals because their complexity is subject to a greater risk associated with care. That is why we present this consensus with the aim of offering tools whose implementation can contribute to provide a safer healthcare.