RESUMO
BACKGROUND: Oral cancer is the most common subset of head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC). These tumors often have an aggressive clinical outcome hallmarked by a propensity for local invasion and regional nodal metastasis. Upregulated genes could be useful as markers for diagnosis, prognosis, and as new drug targets for these tumors. METHODS: To identify upregulated genes in oral squamous cell carcinomas (OSSCs), we examined the ORESTES public database and used a quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction (qRT-PCR) approach to determine the expression level of selected genes in tumor samples. RESULTS AND CONCLUSIONS: The ORESTES data mining analysis indicated 40 upregulated genes in HNSCC. Nine of these candidate genes were selected for further qRT-PCR validation and 3 of them (ALDOA, AHSA1, and POLQ) were frequently found upregulated in OSCC samples, which may indicate an association of these genes with the carcinogenesis process in this tumor site and they can constitute potential new targets for therapy.
Assuntos
Carcinoma de Células Escamosas/genética , Regulação Neoplásica da Expressão Gênica/genética , Neoplasias de Cabeça e Pescoço/genética , Neoplasias Bucais/genética , RNA Neoplásico/genética , Adulto , Idoso , Biópsia por Agulha , Brasil , Carcinoma de Células Escamosas/epidemiologia , Carcinoma de Células Escamosas/fisiopatologia , Estudos de Coortes , Bases de Dados Factuais , Feminino , Neoplasias de Cabeça e Pescoço/epidemiologia , Neoplasias de Cabeça e Pescoço/fisiopatologia , Humanos , Imuno-Histoquímica , Masculino , Pessoa de Meia-Idade , Neoplasias Bucais/fisiopatologia , Invasividade Neoplásica , Estadiamento de Neoplasias , Valor Preditivo dos Testes , Prognóstico , Valores de Referência , Estudos Retrospectivos , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa , Carcinoma de Células Escamosas de Cabeça e Pescoço , Regulação para CimaRESUMO
A RT-PCR assay was developed for early and accurate detection of Papaya meleira virus (PMeV) in the latex from infected papayas. The meleira disease is characterized by an excessive exudation of more fluidic latex from fruits, leaves and stems. This latex oxidises and gives the fruit a "sticky" texture. In the field, disease symptoms are seen almost exclusively on fruit. However, infected plants can be a source of virus for dissemination by insects. Primers specific for PMeV were designed based on nucleotide sequences of the viral dsRNA obtained using a RT-RAPD approach. When tested for RT-PCR amplification, one of these primers (C05-3') amplified a 669-nucleotide fragment using dsRNA obtained from purified virus particles as a template. The translated sequence of this DNA fragment showed a certain degree of similarity to the amino acid sequence of RNA-dependent RNA polymerases from other dsRNA viruses. When used as the single primer in two RT-PCR kits available commercially, primer C05-3' also amplified the DNA fragment from papaya latex of infected, but not from healthy plants. The RT-PCR-based method developed in this study could simplify early plant disease diagnosis, assist in monitoring the dissemination of the pathogen within and between fields, and assist in guiding plant disease management.
Assuntos
Carica/virologia , Látex , Doenças das Plantas/virologia , Vírus de RNA/isolamento & purificação , Reação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa/métodos , Sequência de Aminoácidos , Sequência de Bases , Primers do DNA , Dados de Sequência Molecular , Vírus de RNA/química , Vírus de RNA/genética , Técnica de Amplificação ao Acaso de DNA Polimórfico , Proteínas Virais/química , Proteínas Virais/genéticaRESUMO
Diversos genótipos brasileiros de cana-de-açúcar säo capazes de crescer com baixa adiçäo de adubos nitrogenados, obtendo elevadas contribuições da Fixaçäo Biológica de Nitrogênio (FBN). Um tipo especial de associaçäo com bactérias fixadoras de nitrogênio foi descrito em cana-de-açúcar, onde as bactérias endofíticas, como Gluconacetobacter diazotrophicus e Herbaspirillum spp., colonizam o interior dos tecidos vegetais, sem causar sintomas de doença. Com o objetivo de tentar entender o papel da cana-de-açúcar nesse tipo de associaçäo, nós investigamos os perfis de expressäo gênica de plantas colonizadas pelos diazotróficos endofíticos, usando o banco de dados do SUCEST. Um catálogo com os genes de cana-de-açúcar que säo candidatos a se expressar exclusivamente ou preferencialmente durante a associaçäo foi gerado. Esses dados preliminares sugerem que a cana-de-açúcar deve ter uma participaçäo ativa na interaçäo, respondendo a diversos processos metabólicos durante a associaçäo.