RESUMO
The findings that BF intersubtype recombinant human immunodeficiency type 1 viruses (HIV-1) with coincident breakpoints in pol are circulating widely in Argentina and that non-recombinant F subtype viruses have failed to be detected in this country were reported recently. To analyse the mosaic structures of these viruses and to determine their phylogenetic relationship, near full-length proviral genomes of eight of these recombinant viruses were amplified by PCR and sequenced. Intersubtype breakpoints were analysed by bootscanning and examining the signature nucleotides. Phylogenetic relationships were determined with neighbour-joining trees. Five viruses, each with predominantly subtype F genomes, exhibited mosaic structures that were highly similar. Two intersubtype breakpoints were shared by all viruses and seven by the majority. Of the consensus breakpoints, all nine were present in two viruses, which exhibited identical recombinant structures, and four to eight breakpoints were present in the remaining viruses. Phylogenetic analysis of partial sequences supported both a common ancestry, at least in part of their genomes, for all recombinant viruses and the phylogenetic relationship of F subtype segments with F subtype viruses from Brazil. A common ancestry of the recombinants was supported also by the presence of shared signature amino acids and nucleotides, either unreported or highly unusual in F and B subtype viruses. These results indicate that HIV-1 BF recombinant viruses with diverse mosaic structures, including a circulating recombinant form (which are widespread in Argentina) derive from a common recombinant ancestor and that F subtype segments of these recombinants are related phylogenetically to the F subtype viruses from Brazil.
Assuntos
Variação Genética , Genoma Viral , Infecções por HIV/virologia , HIV-1/genética , Mosaicismo , Recombinação Genética , Proteínas Virais , Argentina , Sequência de Bases , DNA Viral , Feminino , Produtos do Gene gag/genética , Produtos do Gene gag/fisiologia , Produtos do Gene rev/genética , Produtos do Gene rev/fisiologia , Antígenos HIV/genética , Antígenos HIV/fisiologia , Proteína gp41 do Envelope de HIV/genética , Proteína gp41 do Envelope de HIV/fisiologia , Transcriptase Reversa do HIV/genética , Transcriptase Reversa do HIV/fisiologia , HIV-1/classificação , Proteínas do Vírus da Imunodeficiência Humana , Humanos , Masculino , Dados de Sequência Molecular , Filogenia , Estrutura Terciária de Proteína , Análise de Sequência de Proteína , Análise de Sequência de RNA , Proteínas Virais Reguladoras e Acessórias/genética , Proteínas Virais Reguladoras e Acessórias/fisiologia , Produtos do Gene gag do Vírus da Imunodeficiência Humana , Produtos do Gene rev do Vírus da Imunodeficiência HumanaRESUMO
Objetivos. Determinar la prevalencia de la resistencia a los fármacos y analizar la presencia de mutaciones de resistencia genotípica en los subtipos B y no B del VIH-1 en Cuba. Métodos. Entre un total de 1 950 personas que se estima que están infectadas por el VIH-1 en Cuba, se estudió una muestra de 103 pacientes, de los cuales 76 habían recibido antirretrovíricos y 27 no. Se determinó la carga de ARN vírico en el plasma y se utilizó la secuenciación automatizada para detectar mutaciones de resistencia a los inhibidores de la transcriptasa inversa (ITI) y de la proteasa (IP). También se procedió a la subtipificación de la región V3 con prueba de movilidad de heteroduplex (HMA). Para confirmar los resultados de esta prueba se secuenció el gen env (C2-V3- C3) en un tercio de las muestras de cada uno de los subtipos detectados por HMA. Resultados. De las 103 muestras, 81 (78,6%) fueron clasificadas como pertenecientes al subtipo B, 19 (18,5%) al A y 3 (2,9%) al C. La prevalencia de mutaciones de resistencia fue del 26,2% para los ITI y 3,9% para los ITI más IP. Para los ITI nucleosídicos fue del 27,6% en los pacientes tratados y del 7,4% en los no tratados; para los ITI no nucleosídisos, las cifras correspondientes fueron del 5,3% y 0%, respectivamente. En los pacientes tratados se detectó una baja frecuencia (2,6%) de resistencia a la zidovudina más lamivudina y abacavir, y no se encontró multirresistencia a los ITI nucleosídicos. Para las combinaciones de IP e ITI, la prevalencia de la resistencia fue del 5,3% en los pacientes tratados y del 0% en los no tratados. Conclusiones. Aunque generalmente se considera que en Cuba predomina el subtipo B, en este estudio se detectó una alta proporción de virus del subtipo no B. La baja prevalencia de mutaciones de resistencia a los IP e ITI refleja la introducción más tardía de estos fármacos en el país. Como no se observó multirresistencia a los ITI, el empleo de estos fármacos sigue siendo una opción válida para los pacientes cubanos
Objetivos. Determinar la prevalencia de la resistencia a los fármacos y analizar la presencia de mutaciones de resistencia genotípica en los subtipos B y no B del VIH-1 en Cuba. Métodos. Entre un total de 1 950 personas que se estima que están infectadas por el VIH-1 en Cuba, se estudió una muestra de 103 pacientes, de los cuales 76 habían recibido antirretrovíricos y 27 no. Se determinó la carga de ARN vírico en el plasma y se utilizó la secuenciación automatizada para detectar mutaciones de resistencia a los inhibidores de la transcriptasa inversa (ITI) y de la proteasa (IP). También se procedió a la subtipificación de la región V3 con prueba de movilidad de heteroduplex (HMA). Para confirmar los resultados de esta prueba se secuenció el gen env (C2-V3- C3) en un tercio de las muestras de cada uno de los subtipos detectados por HMA. Resultados. De las 103 muestras, 81 (78,6%) fueron clasificadas como pertenecientes al subtipo B, 19 (18,5%) al A y 3 (2,9%) al C. La prevalencia de mutaciones de resistencia fue del 26,2% para los ITI y 3,9% para los ITI más IP. Para los ITI nucleosídicos fue del 27,6% en los pacientes tratados y del 7,4% en los no tratados; para los ITI no nucleosídisos, las cifras correspondientes fueron del 5,3% y 0%, respectivamente. En los pacientes tratados se detectó una baja frecuencia (2,6%) de resistencia a la zidovudina más lamivudina y abacavir, y no se encontró multirresistencia a los ITI nucleosídicos. Para las combinaciones de IP e ITI, la prevalencia de la resistencia fue del 5,3% en los pacientes tratados y del 0% en los no tratados. Conclusiones. Aunque generalmente se considera que en Cuba predomina el subtipo B, en este estudio se detectó una alta proporción de virus del subtipo no B. La baja prevalencia de mutaciones de resistencia a los IP e ITI refleja la introducción más tardía de estos fármacos en el país. Como no se observó multirresistencia a los ITI, el empleo de estos fármacos sigue siendo una opción válida para los pacientes cubanos