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1.
Front Genet ; 13: 884072, 2022.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-35801083

RESUMO

Eukaryotic genomes are usually enriched in repetitive DNA sequences, which can be classified as dispersed or tandemly repeated elements. Satellite DNAs are noncoding monomeric sequences organized in a head-to-tail fashion that are generally located on the subtelomeric and/or pericentromeric heterochromatin. In general, a single species incorporates a diverse group of satellite DNA families, which collection is called satellitome. Here, we characterized three new satellitomes from distinct characid fish (Psalidodon fasciatus, P. bockmanni, and Astyanax lacustris) using a combination of genomic, cytogenetic, and bioinformatic protocols. We also compared our data with the available satellitome of P. paranae. We described 57 satellite DNA (satDNA) families of P. fasciatus (80 variants), 50 of P. bockmanni (77 variants), and 33 of A. lacustris (54 variants). Our analyses demonstrated that several sequences were shared among the analyzed species, while some were restricted to two or three species. In total, we isolated 104 distinctive satDNA families present in the four species, of which 10 were shared among all four. Chromosome mapping revealed that the clustered satDNA was mainly located in the subtelomeric and pericentromeric areas. Although all Psalidodon species demonstrated the same pattern of clusterization of satDNA, the number of clusters per genome was variable, indicating a high dynamism of these sequences. In addition, our results expand the knowledge of the As51 satellite DNA family, revealing that P. bockmanni and P. paranae exhibited an abundant variant of 39 bp, while P. fasciatus showed a variant of 43 bp. The majority of satDNAs in the satellitomes analyzed here presented a common library repetitive sequence in Psalidodon and Astyanax, with abundance variations in each species, as expected for closely related groups. In addition, we concluded that the most abundant satDNA in Psalidodon (As51) passed through a diversification process in this group, resulting in new variants exclusive of Psalidodon.

2.
Front Genet ; 13: 989788, 2022.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-36744175

RESUMO

We report the first draft genome assembly for Prochilodus magdalenae, the leading representative species of the Prochilodontidae family in Colombia. This 1.2-Gb assembly, with a GC content of 42.0% and a repetitive content of around 31.0%, is in the range of previously reported characid species genomes. Annotation identified 34,725 nuclear genes, and BUSCO completeness value was 94.9%. Gene ontology and primary metabolic pathway annotations indicate similar gene profiles for P. magdalenae and the closest species with annotated genomes: blind cave fish (Astyanax mexicanus) and red piranha (Pygocentrus nattereri). A comparative analysis showed similar genome traits to other characid species. The fully sequenced and annotated mitochondrial genome reproduces the taxonomic classification of P. magdalenae and confirms the low mitochondrial genetic divergence inside the Prochilodus genus. Phylogenomic analysis, using nuclear single-copy orthologous genes, also confirmed the evolutionary position of the species. This genome assembly provides a high-resolution genetic resource for sustainable P. magdalenae management in Colombia and, as the first genome assembly for the Prochilodontidae family, will contribute to fish genomics throughout South America.

3.
Braz. j. biol ; 79(4): 669-677, Nov. 2019. tab, graf
Artigo em Inglês | LILACS | ID: biblio-1001474

RESUMO

Abstract Cheirodon interruptus is a ubiquitous small characid that inhabits the Pampean region and commonly used as bait. Its vast market is supplied from the wild population causing a significant environmental impact. In this study, we assess the effect of photoperiod on ovarian maturation in order to evaluate its potential as a tool to manipulate reproduction under artificial conditions. Four treatments in triplicate (light: dark, L: D) were tested: 24L: 0D, 12L: 12D, 0L: 24D and a progressive photoperiod corresponding to the daily photoperiod increments in wild during winter-spring transition, accelerated three times. The experiment was conducted for 45 days. Gonadosomatic index (GSI), oocyte mean diameter, vitellogenic oocyte proportions, plasma estradiol concentrations (E2), condition factor (Kn) and standard length were estimated. Values of mean GSI, oocyte diameter, vitellogenic oocyte proportions and E2 concentration were maximum in the progressive treatment indicating vitellogenesis stimulation. In turn the same parameters were minimum in the 24L: 0D, revealing the vitellogenesis inhibition. This study showed that photoperiodic regime play an important role in the onset of ovarian maturation in C. interruptus.


Resumo Cheirodon interruptus é um pequeno caracídeo amplamente distribuído na região Pampeana e comumente usado como isca. Seu vasto mercado se abastece de populações silvestres causando um impacto ambiental significativo. Neste estudo, investigamos o efeito do fotoperíodo no amadurecimento do ovário para avaliar o potencial deste fator como ferramenta para manipular a reprodução em condições artificiais. Quatro tratamentos foram testados por triplicado (luz: escuro, L: D): 24L: 0D, 12L: 12D, 0L: 24D e um fotoperíodo progressivo que simula as mudanças das horas luz na natureza e na transição de inverno a primavera, acelerado três vezes. O experimento se realizou durante 45 dias. O índice gonadossomático (GSI), o diâmetro médio dos ovócitos, a proporção de ovócitos vitelogênicos, as concentrações plasmáticas de estradiol (E2), o fator de condição (Kn) e o comprimento padrão foram estimados. Os valores médios de GSI, o diâmetro dos ovócitos, as proporções de ovócitos vitelogênicos e a concentração de E2 foram maximizados no fotoperíodo progressivo, indicando estimulação de vitelogênesis. Por outro lado, esses mesmos parâmetros resultaram mínimos no tratamento 24L: 0D, revelando um efeito inibidor da vitelogênesis. Este estudo mostrou que as variações de fotoperíodo exercem um papel importante no início vitelogênesis reprodutiva em C. interruptus .


Assuntos
Animais , Feminino , Oócitos/crescimento & desenvolvimento , Reprodução/fisiologia , Fotoperíodo , Characidae/fisiologia , Estações do Ano , Ritmo Circadiano , Estradiol/sangue
4.
Braz. J. Biol. ; 79(4): 669-677, nov. 2019. ilus, tab, graf
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-19404

RESUMO

Cheirodon interruptus is a ubiquitous small characid that inhabits the Pampean region and commonly used as bait. Its vast market is supplied from the wild population causing a significant environmental impact. In this study, we assess the effect of photoperiod on ovarian maturation in order to evaluate its potential as a tool to manipulate reproduction under artificial conditions. Four treatments in triplicate (light: dark, L: D) were tested: 24L: 0D, 12L: 12D, 0L: 24D and a progressive photoperiod corresponding to the daily photoperiod increments in wild during winter-spring transition, accelerated three times. The experiment was conducted for 45 days. Gonadosomatic index (GSI), oocyte mean diameter, vitellogenic oocyte proportions, plasma estradiol concentrations (E2), condition factor (Kn) and standard length were estimated. Values of mean GSI, oocyte diameter, vitellogenic oocyte proportions and E2 concentration were maximum in the progressive treatment indicating vitellogenesis stimulation. In turn the same parameters were minimum in the 24L: 0D, revealing the vitellogenesis inhibition. This study showed that photoperiodic regime play an important role in the onset of ovarian maturation in C. interruptus.(AU)


Cheirodon interruptus é um pequeno caracídeo amplamente distribuído na região Pampeana e comumente usado como isca. Seu vasto mercado se abastece de populações silvestres causando um impacto ambiental significativo. Neste estudo, investigamos o efeito do fotoperíodo no amadurecimento do ovário para avaliar o potencial deste fator como ferramenta para manipular a reprodução em condições artificiais. Quatro tratamentos foram testados por triplicado (luz: escuro, L: D): 24L: 0D, 12L: 12D, 0L: 24D e um fotoperíodo progressivo que simula as mudanças das horas luz na natureza e na transição de inverno a primavera, acelerado três vezes. O experimento se realizou durante 45 dias. O índice gonadossomático (GSI), o diâmetro médio dos ovócitos, a proporção de ovócitos vitelogênicos, as concentrações plasmáticas de estradiol (E2), o fator de condição (Kn) e o comprimento padrão foram estimados. Os valores médios de GSI, o diâmetro dos ovócitos, as proporções de ovócitos vitelogênicos e a concentração de E2 foram maximizados no fotoperíodo progressivo, indicando estimulação de vitelogênesis. Por outro lado, esses mesmos parâmetros resultaram mínimos no tratamento 24L: 0D, revelando um efeito inibidor da vitelogênesis. Este estudo mostrou que as variações de fotoperíodo exercem um papel importante no início vitelogênesis reprodutiva em C. interruptus.(AU)


Assuntos
Animais , Técnicas de Maturação in Vitro de Oócitos/métodos , Fotoperíodo , Characidae/fisiologia
5.
Artigo em Inglês | VETINDEX | ID: vti-20125

RESUMO

Abstract Cheirodon interruptus is a ubiquitous small characid that inhabits the Pampean region and commonly used as bait. Its vast market is supplied from the wild population causing a significant environmental impact. In this study, we assess the effect of photoperiod on ovarian maturation in order to evaluate its potential as a tool to manipulate reproduction under artificial conditions. Four treatments in triplicate (light: dark, L: D) were tested: 24L: 0D, 12L: 12D, 0L: 24D and a progressive photoperiod corresponding to the daily photoperiod increments in wild during winter-spring transition, accelerated three times. The experiment was conducted for 45 days. Gonadosomatic index (GSI), oocyte mean diameter, vitellogenic oocyte proportions, plasma estradiol concentrations (E2), condition factor (Kn) and standard length were estimated. Values of mean GSI, oocyte diameter, vitellogenic oocyte proportions and E2 concentration were maximum in the progressive treatment indicating vitellogenesis stimulation. In turn the same parameters were minimum in the 24L: 0D, revealing the vitellogenesis inhibition. This study showed that photoperiodic regime play an important role in the onset of ovarian maturation in C. interruptus.


Resumo Cheirodon interruptus é um pequeno caracídeo amplamente distribuído na região Pampeana e comumente usado como isca. Seu vasto mercado se abastece de populações silvestres causando um impacto ambiental significativo. Neste estudo, investigamos o efeito do fotoperíodo no amadurecimento do ovário para avaliar o potencial deste fator como ferramenta para manipular a reprodução em condições artificiais. Quatro tratamentos foram testados por triplicado (luz: escuro, L: D): 24L: 0D, 12L: 12D, 0L: 24D e um fotoperíodo progressivo que simula as mudanças das horas luz na natureza e na transição de inverno a primavera, acelerado três vezes. O experimento se realizou durante 45 dias. O índice gonadossomático (GSI), o diâmetro médio dos ovócitos, a proporção de ovócitos vitelogênicos, as concentrações plasmáticas de estradiol (E2), o fator de condição (Kn) e o comprimento padrão foram estimados. Os valores médios de GSI, o diâmetro dos ovócitos, as proporções de ovócitos vitelogênicos e a concentração de E2 foram maximizados no fotoperíodo progressivo, indicando estimulação de vitelogênesis. Por outro lado, esses mesmos parâmetros resultaram mínimos no tratamento 24L: 0D, revelando um efeito inibidor da vitelogênesis. Este estudo mostrou que as variações de fotoperíodo exercem um papel importante no início vitelogênesis reprodutiva em C. interruptus .

6.
Artigo em Inglês | LILACS-Express | LILACS, VETINDEX | ID: biblio-1467226

RESUMO

Abstract Cheirodon interruptus is a ubiquitous small characid that inhabits the Pampean region and commonly used as bait. Its vast market is supplied from the wild population causing a significant environmental impact. In this study, we assess the effect of photoperiod on ovarian maturation in order to evaluate its potential as a tool to manipulate reproduction under artificial conditions. Four treatments in triplicate (light: dark, L: D) were tested: 24L: 0D, 12L: 12D, 0L: 24D and a progressive photoperiod corresponding to the daily photoperiod increments in wild during winter-spring transition, accelerated three times. The experiment was conducted for 45 days. Gonadosomatic index (GSI), oocyte mean diameter, vitellogenic oocyte proportions, plasma estradiol concentrations (E2), condition factor (Kn) and standard length were estimated. Values of mean GSI, oocyte diameter, vitellogenic oocyte proportions and E2 concentration were maximum in the progressive treatment indicating vitellogenesis stimulation. In turn the same parameters were minimum in the 24L: 0D, revealing the vitellogenesis inhibition. This study showed that photoperiodic regime play an important role in the onset of ovarian maturation in C. interruptus.


Resumo Cheirodon interruptus é um pequeno caracídeo amplamente distribuído na região Pampeana e comumente usado como isca. Seu vasto mercado se abastece de populações silvestres causando um impacto ambiental significativo. Neste estudo, investigamos o efeito do fotoperíodo no amadurecimento do ovário para avaliar o potencial deste fator como ferramenta para manipular a reprodução em condições artificiais. Quatro tratamentos foram testados por triplicado (luz: escuro, L: D): 24L: 0D, 12L: 12D, 0L: 24D e um fotoperíodo progressivo que simula as mudanças das horas luz na natureza e na transição de inverno a primavera, acelerado três vezes. O experimento se realizou durante 45 dias. O índice gonadossomático (GSI), o diâmetro médio dos ovócitos, a proporção de ovócitos vitelogênicos, as concentrações plasmáticas de estradiol (E2), o fator de condição (Kn) e o comprimento padrão foram estimados. Os valores médios de GSI, o diâmetro dos ovócitos, as proporções de ovócitos vitelogênicos e a concentração de E2 foram maximizados no fotoperíodo progressivo, indicando estimulação de vitelogênesis. Por outro lado, esses mesmos parâmetros resultaram mínimos no tratamento 24L: 0D, revelando um efeito inibidor da vitelogênesis. Este estudo mostrou que as variações de fotoperíodo exercem um papel importante no início vitelogênesis reprodutiva em C. interruptus .

7.
Ciênc. rural ; 44(2): 307-313, fev. 2014. ilus
Artigo em Português | LILACS | ID: lil-701366

RESUMO

O presente trabalho foi baseado em dados pretéritos sobre a dieta natural do lambari-cachorro Oligosarcus hepsetus em um reservatório do Sudeste brasileiro, e com isso foi testada a preferência alimentar desse carnívoro, a partir de experimentos com microcosmos. Os experimentos foram realizados em aquários, em janeiro de 2011. Os predadores foram coletados em um tributário do Rio Paraíba do Sul, enquanto as presas: Tilápia rendalli e o lambari, Astyanax fasciatus, foram adquiridas em pisciculturas. Foi testada a preferência alimentar do lambari-cachorro quanto ao tamanho das presas e às espécies-presa e os resultados foram relacionados com a energia da presa. O lambari-cachorro predou tilápia de menores comprimentos (CT) e alturas do corpo (AC), ao passo que não foi observado um padrão evidente de consumo de lambaris. Nos experimentos com CT padronizado, lambari-cachorro consumiu preferencialmente tilápias a lambaris, enquanto, nos experimentos com AC padronizada, não foram detectadas preferências no consumo por determinada espécie-presa. Diferenças energéticas entre espécies-presa parecem importar menos que diferenças morfológicas na preferência alimentar do lambari-cachorro.


This study was based on previously published data on natural diet of the pike characin, Oligosarcus hepsetus in a reservoir at Southeastern Brazil, and thus tested the feeding preference of this carnivore using microcosm experiments. The experiments were conducted in aquariums, in January 2011. Predators were collected in a tributary of the Paraíba do Sul River, while preys: Tilapia rendalli and Astyanax fasciatus were obtained of fish farms. We tested the feeding preference by pike characin in relation to prey size and species, and the results were compared to prey energy. Juvenile pike characin predated preferentially on tilapias with lower body length height, whereas no clear pattern of consumption was observed for lambaris. Tilapias were preferentially predated at experiments with standardized prey body length, whereas no feeding preference was recorded on any prey species at experiments with standardized prey body height. Energetic differences between prey species seem to be less important than morphological differences for the feeding preference of pike characin.

8.
Ci. Rural ; 44(2): 307-313, fev. 2014. ilus
Artigo em Português | VETINDEX | ID: vti-29203

RESUMO

O presente trabalho foi baseado em dados pretéritos sobre a dieta natural do lambari-cachorro Oligosarcus hepsetus em um reservatório do Sudeste brasileiro, e com isso foi testada a preferência alimentar desse carnívoro, a partir de experimentos com microcosmos. Os experimentos foram realizados em aquários, em janeiro de 2011. Os predadores foram coletados em um tributário do Rio Paraíba do Sul, enquanto as presas: Tilápia rendalli e o lambari, Astyanax fasciatus, foram adquiridas em pisciculturas. Foi testada a preferência alimentar do lambari-cachorro quanto ao tamanho das presas e às espécies-presa e os resultados foram relacionados com a energia da presa. O lambari-cachorro predou tilápia de menores comprimentos (CT) e alturas do corpo (AC), ao passo que não foi observado um padrão evidente de consumo de lambaris. Nos experimentos com CT padronizado, lambari-cachorro consumiu preferencialmente tilápias a lambaris, enquanto, nos experimentos com AC padronizada, não foram detectadas preferências no consumo por determinada espécie-presa. Diferenças energéticas entre espécies-presa parecem importar menos que diferenças morfológicas na preferência alimentar do lambari-cachorro.(AU)


This study was based on previously published data on natural diet of the pike characin, Oligosarcus hepsetus in a reservoir at Southeastern Brazil, and thus tested the feeding preference of this carnivore using microcosm experiments. The experiments were conducted in aquariums, in January 2011. Predators were collected in a tributary of the Paraíba do Sul River, while preys: Tilapia rendalli and Astyanax fasciatus were obtained of fish farms. We tested the feeding preference by pike characin in relation to prey size and species, and the results were compared to prey energy. Juvenile pike characin predated preferentially on tilapias with lower body length height, whereas no clear pattern of consumption was observed for lambaris. Tilapias were preferentially predated at experiments with standardized prey body length, whereas no feeding preference was recorded on any prey species at experiments with standardized prey body height. Energetic differences between prey species seem to be less important than morphological differences for the feeding preference of pike characin.(AU)


Assuntos
Animais , Characidae , Preferências Alimentares , Comportamento Predatório
9.
Mol Phylogenet Evol ; 69(3): 1209-14, 2013 Dec.
Artigo em Inglês | MEDLINE | ID: mdl-23871917

RESUMO

The characiform family Gasteropelecidae, the so-called freshwater hatchetfishes, is comprised of three genera and nine species found in Panama and all South American countries except Chile. Our goal was to investigate the molecular characteristics, phylogenetic relationships among the species and genera of Gasteropelecidae and phylogenetic relationships between the Gasteropelecidae family with other Characiformes. DNA fragments from two mitochondrial (16S rRNA and Cytochrome B) and three nuclear genes (Rag1, Rag2 and Myh6) were sequenced. Our results corroborate the morphology-based hypothesized monophyly of the Gasteropelecidae family and most of the relationships among its genera. However, the genus Gasteropelecus is polyphyletic because G. maculatus is placed as the sister group to all other gasteropelecids, whereas G. sternicla is more closely related to species of Carnegiella. Similarly, the species Carnegiella strigata is not monophyletic, which suggests that the family needs a taxonomic review. Moreover, the species Thoracocharax stellatus was composed by four distinct lineages suggesting the this species may represents a species complex.


Assuntos
Caraciformes/classificação , Filogenia , Animais , Teorema de Bayes , Núcleo Celular/genética , Caraciformes/anatomia & histologia , Caraciformes/genética , DNA Mitocondrial/genética , Evolução Molecular , Funções Verossimilhança , Modelos Genéticos , Análise de Sequência de DNA , América do Sul
10.
Pirassununga; s.n; 26/02/2013. 83 p. ilus.
Tese em Português | VETINDEX | ID: biblio-1505275

RESUMO

Os organismos do filo Myxozoa são endoparasitas obrigatórios que infectam principalmente peixes em diversas regiões do mundo, estando entre os mais importantes patógenos de peixes, com mais de 2180 espécies descritas porém, pouco se conhece deste parasita em peixes do Brasil. Neste estudo foram realizadas coletas entre abril de 2011 a agosto de 2012, onde foram coletados oito exemplares de piapara (Leporinus obtusidens) e dezessete exemplares de dourado (Salminus brasiliensis), oriundos do rio Mogi-Guaçu, próximo a Cachoeira de Emas, localizada no município de Pirassununga, estado de São Paulo. As análises morfológicas (microscopia de luz, histologia e a análise ultraestrutural), técnicas de biologia molecular (PCR e sequenciamento) foram utilizadas na identificação de duas novas espécies de Henneguya e análise filogenética do gene 18S rDNA foi realizada para avaliar a relação filogenética desta duas novas espécies com outras espécies de mixosporídeos. Duas novas espécies foram encontradas neste estudo. Uma delas foi encontrada infectando a nadadeira de L. obtusidens e é descrita neste estudo como Henneguya sp. 1 e uma outra espécie encontrada infectando a membrana do arco da branquial e na membrana entre os raios da nadadeira de S. brasiliensis, a qual foi aqui descrita como Henneguya sp. 2. A análise histopatológica revelou que Henneguya sp. 1 ocasionou uma leve compressão no tecido adjacente. A análise ultra-estrutural permitiu a compreensão da interface parasita-hospedeiro e o processo de esporogênese das duas espécies descritas; além disso, foi observado a presença de vesículas esbranquiçadas para Henneguya sp. 2, com função ainda desconhecida. Nos estudos filogenéticos, utilizando os métodos máxima parcimônia e máxima verossimilhança para ambas as espécies, foi avaliado no estudo 1 que Henneguya sp. 1, parasita de peixe characiforme, aparece isolado dando origem a um clado irmão de Henneguya spp., parasitas de siluriformes, characifomes e esociformes; já no estudo 2, a análise filogenética da espécie Henneguya sp. 2, também parasita de peixe characiforme, foi observado a formação de um clado com 3 espécies parasitas de characiformes, sendo duas espécies de Henneguya descritas neste estudo e o Myxobolus oliveirai.


The parasites of Myxozoa are endoparasites that infect mainly fishes in several parts of the world, being this group considered one of the most important pathogens of fishes, with more than 2180 species described. However little is known about this group of parasite in Brazil. During this study, eight piapara (Leporinus obtusidens) and seventeen dourado (Salminus brasiliensis) were caught in Mogi-Guaçu river in a period from April 2011 to August 2012, near waterfall Cachoeira de Emas located at Pirassununga city, state of São Paulo, Brazil. Morphological analyses (light microscopy, histology and ultrastructure) and molecular biology techniques (PCR and sequencing) where done to identify two new species of Henneguya and phylogenetic analyses using the 18S rDNA gene were performed to evaluate the phylogenetic relationship of this two new species among others myxosporeans available on GenBank. Henneguya sp. 1 has been described infecting the fin of L. obtusidens and Henneguya sp. 2 has been described infecting the gill arch membrane and the fin membrane of S. brasiliensis. The histopathological analyses revealed that Henneguya sp. 1 occasioned a small compression of adjacent tissue of the host. Ultraestructural analyses showed the host-parasite/'s interface and the sporogenesis of the two Henneguya spp. furthermore Henneguya sp. 2 showed several whitish vesicles with an unknown function. Phylogenetic studies using the maximum parsimony and maximum likelihood methods, showed in the first study Henneguya sp .1 appearing alone as a basal branch of a sister clade composed by Henneguya parasites of siluriforms, characiforms and esociforms fishes, and the second study showed Henneguya sp. 2 grouped with Hennegua sp. 1 and Myxobolus oliveirai, both parasites of characiforms fishes.


Assuntos
Animais , Classificação/métodos , Doenças Parasitárias/parasitologia , Filogenia , Peixes/parasitologia , Interações Hospedeiro-Parasita/fisiologia
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