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[Introdução]: O objetivo deste documento é fornecer orientações provisórias de biossegurança laboratorial para testes com amostras clínicas de pacientes que atendam à definição de casos do novo patógeno identificado em Wuhan, China, ou seja, a doença do coronavírus 2019 (COVID-19). A OMS revisará essas recomendações conforme necessário.

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Objetivo: O Estudo das Condições de Vida e Saúde de Pomerode, SC (SHIP-Brasil), conduzido pela Universidade Regional de Blumenau, visa estratificar os fatores de risco e genéticos eventualmente existentes na gênese das mais variadas doenças. Para tal são necessários exames laboratoriais, antropométricos, genéticos e de imagem para a definição das mesmas e o acompanhamento de sua evolução. Este trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade das amostras armazenadas no biorrepositório do estudo, que podem ser utilizadas para pesquisas de biomarcadores no futuro. Métodos: Foram avaliadas amostras de soro em jejum de 56 voluntários. Os analitos estudados foram glicose, colesterol total, creatinina e transaminase glutâmico-pirúvica (ALT), após 1, 2 e 3 anos de armazenamento a -80ºC. Os resultados foram analisados com o Teste t de Student e de acordo com o Erro Permitido Máximo para cada analito. Resultados: Não encontramos evidências de que as amostras do Estudo SHIP-Brasil possam perder a sua qualidade após serem armazenadas por longos períodos. Conclusão: Os Procedimentos Operacionais Padrão (POPs) estabelecidos estão adequados para o processamento e preservação das amostras.

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As condições de coleta e o transporte das amostras de água tratada para uso em diálise são etapas críticas para garantir a qualidade dos resultados analíticos. A temperatura no transporte de amostras deve assegurar a manutenção das características físicas e biológicas desde a coleta até o recebimento pelo laboratório analítico. O objetivo deste estudo foi de qualificar o transporte de amostras de água tratada para diálise desde os Serviços de Diálise do estado de São Paulo até o Instituto Adolfo Lutz, realizado durante a execução do Programa Estadual de Monitoramento. Os resultados obtidos indicaram que o sistema adotado, utilizando-se caixas isotérmicas e gelo reutilizável, é capaz de garantir as condições adequadas de temperatura durante o transporte do ponto de coleta das amostras até o laboratório analítico.

The conditions for collecting and transporting the dialysis water samples are the critical steps to assure the quality of the analytical results. The temperature during the water samples transport should ensure the maintenance of the physical and biological characteristics of samples from their collections to the analytical laboratory. The objective of this study was to qualify the transport of the dialysis water samples from the Dialysis Services of the state of São Paulo to the Adolfo Lutz Institute, during the performance of the State Monitoring Program. By using the isothermal boxes and the reusable ices, the obtained results indicated that the adopted system were able to guarantee the adequate temperature conditions during the transport from the sample collection point to the analytical laboratory.

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As condições de coleta e o transporte das amostras de água tratada para uso em diálise são etapas críticas para garantir a qualidade dos resultados analíticos. A temperatura no transporte de amostras deve assegurar a manutenção das características físicas e biológicas desde a coleta até o recebimento pelo laboratório analítico. O objetivo deste estudo foi de qualificar o transporte de amostras de água tratada para diálise desde os Serviços de Diálise do estado de São Paulo até o Instituto Adolfo Lutz, realizado durante a execução do Programa Estadual de Monitoramento. Os resultados obtidos indicaram que o sistema adotado, utilizando-se caixas isotérmicas e gelo reutilizável, é capaz de garantir as condições adequadas de temperatura durante o transporte do ponto de coleta das amostras até o laboratório analítico.(AU)

The conditions for collecting and transporting the dialysis water samples are the critical steps to assure the quality of the analytical results. The temperature during the water samples transport should ensure the maintenance of the physical and biological characteristics of samples from their collections to the analytical laboratory. The objective of this study was to qualify the transport of the dialysis water samples from the Dialysis Services of the state of São Paulo to the Adolfo Lutz Institute, during the performance of the State Monitoring Program. By using the isothermal boxes and the reusable ices, the obtained results indicated that the adopted system were able to guarantee the adequate temperature conditions during the transport from the sample collection point to the analytical laboratory.(AU)

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Os métodos de preservação empregados em micologia buscam manter a viabilidade e a estabilidade das características fenotípicas e genéticas. Entretanto, alterações podem ocorrer dependendo da metodologia empregada. Atualmente são escassos os dados da estabilidade dos isolados de Sporothrix spp., incluindo perfis fenotípicos, genotípicos e proteômicos após o armazenamento. Com a recente descrição das novas espécies patogênicas, para o homem e outros mamíferos, torna-se necessário o armazenamento desses fungos em coleções de culturas para estudos futuros, possibilitando maior conhecimento sobre a taxonomia, fisiologia e virulência de Sporothrix spp. Portanto, o objetivo desse estudo foi avaliar métodos de preservação que permitam manter a estabilidade dos perfis fenotípicos, genotípicos e proteômicos dos isolados de Sporothrix spp.. Com esse propósito foram utilizados 8 isolados de Sporotrix spp., armazenados por três diferentes métodos. Preservação em água destilada, sob refrigeração a 4ºC e criopreservação a -80°C, por períodos de 6, 12, 18 e 24 meses de armazenamento. Os isolados foram identificados pelo sequenciamento parcial dos genes calmodulina e ß-tubulina e pela PCR fingerprinting. A estabilidade do fenótipo foi realizada, por meio das provas fenotípicas sugeridas na chave de identificação das espécies de Sporothrix spp. que incluem: morfologia dos conídios, diâmetro da colônia a 30°C, teste de termotolerância a 37°C e assimilação de carboidratos, glicose sacarose e rafinose. O dimorfismo também foi avaliado após a preservação. A estabilidade genotípica foi realizada por meio do sequenciamento parcial do gene codificador da ß-tubulina

A estabilidade proteômica foi realizada por espectrometria de massa (MALDI-TOF MS), após 24 meses de preservação. Todos os isolados foram recuperados dos três métodos em todos os períodos avaliados. No entanto, os isolados preservados em água destilada apresentaram contaminações. Alterações morfológicas foram observadas após preservação a -80°C, um isolado deixou de apresentar colônia pigmentada e conídios demáceos. O diâmetro das colônias assim como a termotolerância permaneceram estáveis nos três métodos. A principal alteração ocorreu com o perfil de assimilação de carboidratos e essa variação modificou a identificação das espécies pela chave taxonômica. A estabilidade genotípica para o gene codificador da ß-tubulina foi preservada após 24 meses em ambos os métodos de armazenamento. Entretanto, baixo polimorfismo foi detectado após preservação em água destilada. Os isolados foram identificados corretamente por espectometria de massa após o armazenamento, porém alterações no perfil protéico foram observadas. O método de preservação a 4°C foi o mais efetivo para preservar os isolados de Sporothrix spp., manteve estável a maioria das características fenotípicas, como também a estabilidade do genótipo por até 24 meses de armazenamento. Esse é um método simples e de baixo custo que pode seu usado em laboratórios de recursos limitados como, um método alternativo de preservação. (AU)

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O aprimoramento das técnicas analíticas viabilizou a metabolômica, uma área da ciência que busca compreender, de forma comparativa, os metabólitos envolvidos nas vias bioquímicas. A metabolômica está inserida no contexto das "ômicas", que teve início na "Era Genômica", a qual permitiu a identificação de diversos genes. Em seguida, o interesse dos pesquisadores centrou no estudo dos metabólitos (metabolômica) mostrando ser uma ferramenta valiosa na pesquisa do transplante renal, que exige um tratamento medicamentoso por meio de imunossupressores. A combinação destes imunossupressores pode minimizar a rejeição do órgão transplantado, reforçando a necessidade de um estudo metabolômico, a fim de avaliar e comparar as mudanças ocorridas após o transplante em nível molecular, melhorando o conhecimento sobre a influência destes regimes e dando subsídios sobre prognósticos possíveis na área de transplante renal. Nesta tese foram avaliadas 2 terapias: Everolimo/ Prednisona/Tacrolimo (grupo 1) e Micofenolato mofetil/Prednisona/Tacrolimo (grupo 2) a partir de uma abordagem untargeted. No presente trabalho foram coletadas amostras de urina de pacientes ao longo de 6 meses. Foi necessário determinar a melhor condição para análise das amostras de urina dos pacientes. Desta forma, foram realizados estudos sobre alguns parâmetros que impactam no preparo de amostra abordando a influência da urease, tipos e proporção de solventes para precipitação de proteína, seleção do melhor agente derivatizante e tratamento de dados. A avaliação da medida de qualidade dos tratamentos com urease foi feita a partir do desvio padrão relativo (RSD) dos valores de intensidade de pico. A concentração de 10 mg mL-1 apresentou o melhor resultado. O estudo mostrou também que o teor de ureia na urina pode influenciar na identificação dos compostos. O número de compostos identificados foi menor quando a urina não foi tratada com urease, com aproximadamente 10 compostos a menos em relação à amostra tratada com a enzima, na mesma concentração de ureia adicionada. Dos solventes orgânicos testados para precipitação de proteínas nas amostras de urina, o isopropanol mostrou ser o solvente mais adequado na proporção 1:6 urina:solvente (v/v), utilizando-se 100 µL de urina. Foram testados dois protocolos de derivatização para análises por GC-MS: metoximação e sililação utilizando BSTFA e cloroformiato de metila. A comparação mostrou que o procedimento por BSTFA, com 40 metabólitos identificados, foi superior ao cloroformiato de metila, com 13 compostos identificados. No tratamento de dados com o software XCMS, os seguintes parâmetros foram avaliados: largura a meia altura do pico (fwhm), largura da banda (bw) e threshold (sntresh). Para avaliar a melhor combinação destes parâmetros, foi feita uma variação univariada destes valores. A qualidade do resultado de cada combinação foi monitorada pelos valores gerados de número de missing values, quantidade de picos com RSD <15% e número de valores duplicados. Os valores ótimos foram obtidos para a combinação: fwhm=4, bw=2 e threshold=5. A abordagem do estudo dos dois grupos de pacientes baseou-se inicialmente na comparação entre o dia 7 da terapia com os demais períodos (dia 14, mês 1, mês 3 e mês 6) e posteriormente avaliou-se a evolução temporal. A partir do mês 3 os valores de correlação e predição dos modelos de PLS-DA são melhores e já é eficaz na diferenciação entre os dois grupos. Foram observadas perturbações no metabolismo de carboidratos em ambos os grupos, como açúcares, glicerol e N-acetil-D-manosamina. No grupo 1, foram observados metabólitos discriminantes da classe dos poliois e das vias do ciclo do ácido cítrico e degradação de xenobióticos, enquanto que, no grupo 2, foi observada alteração do hidroxibutirato, um corpo cetônico. Neste grupo, foi observado também um aumento do ácido hipúrico, ácido acetamido butírico, ácido benzoico, entre outros. Nesta tese foi possível demonstrar que a metabolômica é uma ferramenta importante para comparar metabólitos discriminantes entre dois regimes imunossupressores, sendo um estudo piloto que visa fornecer subsídios para avaliação da influência destas terapias no prognóstico de transplante renal

The improvement of analytical techniques enabled the emergence of metabolomics, which aims to compare the metabolites involved in biochemical pathways, in certain biological conditions. Metabolomics is inserted in the "omics" context, which began in the "Genomic Age", and allowed the identification of several genes. After that, the researchers focused on the study of metabolites. Among several applications, metabolomics can be a valuable tool in renal transplant research, which requires a drug treatment through immunosuppressants. The combination of these immunosuppressants can minimize toxicity and rejection of the transplanted organ, reinforcing the need for a metabolomic study, in order to evaluate and compare changes after transplantation at the molecular level, improving knowledge about the influence of these regimens and giving subsidies on prognosis in the area of renal transplantation. In this thesis two immunosuppressive therapies were evaluated by an untargeted approach: Everolimus/Prednisone/Tacrolimus (group 1) and Mycophenolate mofetil/Prednisone/Tacrolimus (group 2). In this study, urine samples were collected from patients over 6 months. It was necessary to determine the best condition for analysis of patients' urine samples. Thus, studies were carried out on some parameters that impact on sample preparation, evaluating the influence of urease, types and proportion of solvents for protein precipitation, selection of the best derivatizing agent, and data treatment. The evaluation of the quality measure of the urease treatments was made from the relative standard deviation (RSD) of the peak intensity values. The concentration of 10 mg mL-1 presented the best result. The study also showed that urine urea content may influence the identification of the compounds. The number of identified compounds was lower when urine was not treated with urease, with approximately 10 compounds less than the enzyme-treated sample, at the same concentration of urea added. In the evaluation of the organic solvents tested for protein precipitation in the urine samples, isopropanol was the most suitable solvent in the ratio 1: 6 urine:solvent (v/v), using 100 µL of urine. Two derivatization protocols were tested for GC-MS analysis: metoximation and silylation with BSTFA and methyl chloroformate. The comparison between the two derivatization protocols showed that the BSTFA procedure, with 40 identified metabolites, was superior to methyl chloroformate with 13 compounds identified. In data processing with the XCMS software, the following parameters were evaluated: full width at half maximum of the peak (fwhm), bandwidth (bw) and threshold (sntresh). To evaluate the best combination of these parameters, a univariate variation of these values was made. The quality of the result of each combination was monitored by the number of missing values, number of peaks with RSD <15%, and number of duplicate values. The optimal values were obtained for the combination: fwhm=4, bw=2 and threshold =5. The study of the two groups of patients was initially based on the comparison between day 7 of the therapy with the other periods (day 14, month 1, month 3 and month 6) and later the temporal evolution was evaluated. From month 3 the values of correlation and prediction of the PLS-DA models are better and already effective in the differentiation between the two groups. Disorders in carbohydrate metabolism were observed in both groups with sugars and glycerol and N-acetyl-D-mannosamine as discriminant metabolites. In group 1, discriminant metabolites of the class of polyols and citric acid cycle pathways and degradation of xenobiotics were observed, and in group 2 alteration of hydroxybutyrate, a ketone body, was observed. In this group an increase of hippuric acid, acetamido butyric acid, benzoic acid, among others, was also observed. In this thesis it was possible to demonstrate that metabolomics is an important tool to compare discriminant metabolites between two immunosuppressive regimens, being a pilot study that aims to provide future subsidies to evaluate the influence of these therapies on the renal transplant prognosis

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"Este manual tiene el objetivo de dar a conocer el procedimiento para la toma, almacenamiento y transporte de muestras al LNS así como los conceptos básicos de Bioseguridad. Es de utilidad para personal de laboratorio, enfermería, epidemiología, clínicos y otros que intervienen en este proceso." Incluye un correo electrónico y número telefónico para cualquier consulta en relación al tema. Contiene además, las definiciones de los conceptos relacionados al tema principal, además de la infraestructura que deberá tener el transporte de muestras, incluidos el equipo y el manejo de las mismas. Especifica procedimiento para la toma de muestras de varias enfermedades, entre ellas: Rotavirus, Enfermedad diarreica aguda de etiología bacteriana, Cólera, Fiebre Tifoidea, Hepatitis A, B o C, Dengue, Chikungunya, entre muchas más. En los anexos, incluye los códigos geográficos departamentales y municipales (como herramienta para la identificación de personas con VHI) También contiene en la sección de anexos, una lista de "Laboratorios que realizan cultivos de microbacterias" en el país. Además incluye "Fichas epidemiológicas" de distintas enfermedades

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A obtenção de um material genético íntegro e com concentrações satisfatórias para a amplificação de de uma determinada sequência são os principais desafios para o processamento de amostras de tecido preservados em parafina. O presente estudo teve como objetivo comparar três diferentes protocolos de extração de DNA que têm em comum entre si o princípio de extração por silica-gel. Vinte e sete amostras de tecidos tireoidianos preservados em parafina foram processadas por meio de cortes em triplicata de 20um. O método A utilizou tr~es horas na etapa de digestão do tecido, os métodos B e C utilizaram 16 horas para a digestão, sendo que o último utilizou diferentes solventes para reidratar o tecido e solução de fenol-clorofórmio-álcool isoamílico para purificação. Todos os métodos utilizaram em comum o conjunto de reagentes QIAamp DNA mini kit. Na comparação entre as concentrações obtidas de DNA, o método B spresentou maior média (3,7 ng/iL) já o método A obteve valor médio que 1,2 ng/uL e o método C, de 0,7 ng/uL. Todos os protocolos obtiveram valores da relação 260/280 e 260/230 fora dos valores de refer~encia esperado, evidenciando uma perda na qualidade do DNA extraído. O resultado da integridade do DNA, por meio de eletroforese em gel agarose também demonstrou o alto grau de degradação de todos os métodos analisados. Entretanto, foi possível realizar a genotipagem do polimorfismo 174G>C do gene da interleucina 6 em 100% das amostras testadas para o método C, e 66% par a o método A e B. O método C foi o mais reprodutivo para genotipagem , apesar do maior custo e tempo de processamento, sendo este método mais indicado para a implementação na rotina laboratorial de biologia molecular para amostras preservadas em parafina.

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Introducción: la técnica de secado en perlas de vidrio se reporta como método de conservación microbiana desde hace varios años, pero la información existente es limitada. Con este antecedente, se decidió evaluar su utilidad para conservar bacterias, de origen clínico, en la colección de cultivos microbianos del Instituto Nacional de Higiene, Epidemiología y Microbiología. Métodos: se estudiaron dos cultivos de Shigella spp., mantenidas en refrigeración. Los datos de viabilidad obtenidos durante cuatro años de conservación fueron procesados con el paquete estadístico SPSS versión 15.0. El análisis estadístico incluyó el de la varianza para la comparación de las medias del recobrado de células viables para las variables tiempo de conservación, dilución y mezcla preservante, y el test de Scheffé de comparaciones múltiples post hoc para la discriminación de las medias. Fueron controladas las características fisiológicas y la respuesta a la tinción de Gram de las cepas. Resultados: no se encontraron diferencias significativas entre las mezclas preservantes utilizadas en este ensayo, y pudieron recobrarse ambas cepas durante los cuatro años de estudio. A partir de los seis meses se apreció una disminución del efecto protector en todas las mezclas. Se obtuvo variabilidad en algunos caracteres fisiológicos (indol, dulcitol y manitol), pero no para la respuesta a la tinción de Gram en ambas cepas, la que se mantuvo estable. Conclusiones:: el método resultó apropiado para mantener Shigella spp. por tiempo limitado, pero pudiera utilizarse como alternativa de conservación en laboratorios con limitados recursos a corto plazo, por su sencillez, bajo costo y efectividad, y debe garantizarse la disponibilidad de réplicas por otras técnicas

Introduction: glass bead dehydration technique has been reported as a microbial preservation method for some years, but the available information is limited. Based on this antecedent, it was decided to evaluate its usefulness to preserve bacteria of clinical origin in the collection of microbial cultures at the National Institute of Hygiene, Epidemiology and Microbiology. Methods: a study was conducted of two Shigella spp. cultures kept under refrigeration. The viability datas obtained during four years of preservation were processed with the statistical package SPSS, version 15.0. Statistical processing included analysis of variance for comparison of the mean recovery values of viable cells for the variables preservation time, dilution and preserving mix, and Scheffe's test of post hoc multiple comparisons for means discrimination. Physiological characteristics were controlled, as well as the response of strains to Gram stain. Results: no significant differences were found between the preserving mixes used in the trial, and both strains could be recovered during the four years of the study. The protective effect of all mixes was found to decrease after six months. Variability was obtained for some physiological characters (indol, dulcitol and mannitol), but response to Gram stain remained stable in both strains. Conclusions:: the method was found to be suitable to preserve Shigella spp. for a limited time, but it could be used as a short-term preservation alternative in laboratories with few resources, due to its simplicity, low cost and effectiveness. Availability should be ensured of replicas obtained by other techniques

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Se compararon dos dispositivos de conservación de muestras tomadas por hisopado con cepas de referencia de Streptococcus pyogenes, Haemophilus influenzae, Neisseria gonorrhoeae y Streptococcus pneumoniae (ambos con medio de Stuart). El dispositivo Copan Venturi Transystem® (Copan Italia Spa, Brescia, Italia) resultó ser significativamente más efectivo que el Eurotubo (Deltalab, Rubí, Barcelona, España) probablemente porque la estrangulación que presenta al comienzo de la columna semisólida (sistema tipo Venturi) permitiría una mejor conservación de los microorganismos.

Two extendedly-used swab transport devices with Stuart medium using Streptococcus pyogenes, Haemophilus influenzae, Neisseria gonorrhoeae and Streptococcus pneumoniae reference strains, were compared. Copan Venturi Transystem® (Copan Italia Spa, Brescia, Italy) was significantly more effective than Eurotubo (Deltalab, Rubí, Barcelona, Spain), probably because the narrowing of the tube, just at the beginning of the semisolid column (Venturi system), would yield a better conservation of diffrerent organisms.

Foram comparados dois dispositivos de conservação de amostras tomadas por swab com cepas de referência de Streptococcus pyogenes, Haemophilus influenzae, Neisseria gonorrhoeae e Streptococcus pneumoniae (ambos com meio de Stuart). O dispositivo Copan Venturi Transystem® (Copan Italia Spa, Brescia, Itália) resultou ser significativamente mais efetivo que o Eurotubo (Deltalab, Rubí, Barcelona, Espanha) provavelmente porque o estrangulamento que apresenta no início da coluna semi-sólida (sistema tipo Venturi) permitiria uma melhor conservação dos microorganismos.

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