Phylogenetic analysis and genetic similarities of Phyllidia spp. by comparing the nucleotide sequence of 16S rRNA and cytochrome c genes / Análise filogenética e similaridades genéticas de Phyllidia spp. comparadas à sequência de nucleotídeos dos genes 16S rRNA e citocromo c
Braz. j. biol
; 84: e272732, 2024. tab, ilus
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ABSTRACT
Phyllidiid nudibranchs are brightly colored gastropod molluscs, frequently encountered in coral reefs of the tropical Indo-Pacific. This study aimed to identify the phylogenetic similarities among the Phyllidia spp. The phylogenetic similarities among all the available Phyllidia spp. were studied by comparing the nucleotide sequence of 16s rRNA and cytochrome c genes (cox I). Sequences were retrieved from NCBI databases and aligned by using Geneious software. A phylogenetic tree was constructed for the retrieved sequences of Phyllidia spp. by using the neighbor-joining method on MEGA software and the pairwise distances were also calculated. The similarities among nucleotide sequences of 16s rRNA showed that the P. elegans, and P. haegeli had the highest similarities (99.92%) and the lowest similarities (99.14%) among P. haegeli and P. picta. While nucleotide sequences of cox I showed the highest similarities (99.90%) between P. elegans and P. ocellata, and the P. varicosa had the lowest similarities 99.74% with P. koehleri and P. larryi. The molecular phylogenetic analysis based on mitochondrial marker indicated a close relation between P. elegans and P. alyta in both cox I and 16s rRNA phylogenetic tree. The phylogenetic tree of 16s rRNA gene shows the P. ocellata is closely related to the clade of species P. exquisita. The available phylogenetic analysis could be useful in further studies of Phyllidiidae within Nudibranchia.
RESUMO
Os nudibrânquios Phyllidiid são moluscos gastrópodes de cores vivas, frequentemente encontrados em recifes de corais do Indo-Pacífico tropical. Este estudo teve como objetivo identificar as semelhanças filogenéticas entre Phyllidia spp. As semelhanças filogenéticas entre todos os Phyllidia spp. disponíveis foram estudados comparando à sequência de nucleotídeos dos genes 16s rRNA e citocromo C (cox I). As sequências foram recuperadas dos bancos de dados NCBI e alinhadas usando o software Geneious. Uma árvore filogenética foi construída para as sequências recuperadas de Phyllidia spp. através do método de junção de vizinhos no software MEGA e as distâncias pareadas também foram calculadas. As semelhanças entre as sequências de nucleotídeos do 16s rRNA mostraram que P. elegans e P. haegeli apresentaram as maiores similaridades (99,92%) e as menores similaridades (99,14%) entre P. haegeli e P. picta. Enquanto as sequências de nucleotídeos de cox I apresentaram as maiores similaridades (99,90%) entre P. elegans e P. ocellata, e a de P. varicosa apresentou as menores similaridades 99,74% com P. koehleri e P. larryi. A análise filogenética molecular baseada no marcador mitocondrial indicou uma estreita relação entre P. elegans e P. alyta tanto na árvore filogenética cox I quanto 16s rRNA. A árvore filogenética do gene 16s rRNA demonstrou que P. ocellata está intimamente relacionado ao clado da espécie P. exquisita. A análise filogenética disponível pode ser útil para estudos posteriores de Phyllidiidae dentro de Nudibranchia.
Assuntos
Palavras-chave
Texto completo:
1
Base de dados:
VETINDEX
Assunto principal:
Filogenia
/
RNA Ribossômico 16S
/
Citocromos c
/
Moluscos
/
Nucleotídeos
Limite:
Animals
Idioma:
En
Revista:
Braz. j. biol
Ano de publicação:
2024
Tipo de documento:
Article