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Genome misclassification of Klebsiella variicola and Klebsiella quasipneumoniae isolated from plants, animals and humans / Clasificación errónea de aislados de Klebsiella variicola y Klebsiella quasipneumoniae obtenidos de plantas, animales y humanos
Martínez-Romero, Esperanza; Rodríguez-Medina, Nadia; Beltrán-Rojel, Marilu; Silva-Sánchez, Jesús; Barrios-Camacho, Humberto; Pérez-Rueda, Ernesto; Garza-Ramos, Ulises.
Afiliação
  • Martínez-Romero, Esperanza; Universidad Nacional Autónoma de México. Centro de Ciencias Genómicas. Cuernavaca. MX
  • Rodríguez-Medina, Nadia; Universidad Nacional Autónoma de México. Centro de Ciencias Genómicas. Cuernavaca. MX
  • Beltrán-Rojel, Marilu; Universidad Nacional Autónoma de México. Centro de Ciencias Genómicas. Cuernavaca. MX
  • Silva-Sánchez, Jesús; Universidad Nacional Autónoma de México. Centro de Ciencias Genómicas. Cuernavaca. MX
  • Barrios-Camacho, Humberto; Universidad Nacional Autónoma de México. Centro de Ciencias Genómicas. Cuernavaca. MX
  • Pérez-Rueda, Ernesto; Universidad Nacional Autónoma de México. Centro de Ciencias Genómicas. Cuernavaca. MX
  • Garza-Ramos, Ulises; Universidad Nacional Autónoma de México. Centro de Ciencias Genómicas. Cuernavaca. MX
Salud pública Méx ; 60(1): 56-62, Jan.-Feb. 2018. tab, graf
Article em En | LILACS | ID: biblio-903842
Biblioteca responsável: BR1.1
ABSTRACT
Abstract

Objective:

Due to the fact that K. variicola, K. quasipneumoniae and K. pneumoniae are closely related bacterial species, misclassification can occur due to mistakes either in normal biochemical tests or during submission to public databases. The objective of this work was to identify K. variicola and K. quasipneumoniae genomes misclassified in GenBank database. Materials and

methods:

Both rpoB phylogenies and average nucleotide identity (ANI) were used to identify a significant number of misclassified Klebsiella spp. genomes.

Results:

Here we report an update of K. variicola and K. Quasipneumoniae genomes correctly classified and a list of isolated genomes obtained from humans, plants, animals and insects, described originally as K. pneumoniae or K. variicola, but known now to be misclassified.

Conclusions:

This work contributes to recognize the extensive presence of K. variicola and K. quasipneumoniae isolates in diverse sites and samples.
RESUMEN
Resumen

Objetivo:

Identificar genomas mal clasificados de K. variicola, y K. quasipneumoniae en la base de datos del GenBank. Material y

métodos:

En el presente estudio se usaron tanto análisis filogenéticos usando rpoB como la identidad media de nucleótidos (ANI, por sus siglas en ingles) para identificar un número significativo de genomas del género Klebsiella.

Resultados:

Se reportó una actualización de genomas de K. variicola y K. quasipneumoniae correctamente clasificados y una lista de aquellos aislamientos obtenidos de seres humanos, plantas, animales e insectos, descritos originalmente como K. pneumoniae o K. variicola pero ahora se conoce que están mal clasificados.

Conclusiones:

Este trabajo contribuye a la presencia extensiva de aislamientos de K. variicola y K. quasipneumoniae en diversos sitios y muestras.
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: LILACS Assunto principal: Plantas / Ursidae / Infecções por Klebsiella / Técnicas de Tipagem Bacteriana / Genoma Bacteriano / Insetos / Klebsiella Limite: Animals Idioma: En Revista: Salud pública Méx Assunto da revista: SAUDE PUBLICA Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Article País de afiliação: México País de publicação: México
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Texto completo: 1 Coleções: 01-internacional Base de dados: LILACS Assunto principal: Plantas / Ursidae / Infecções por Klebsiella / Técnicas de Tipagem Bacteriana / Genoma Bacteriano / Insetos / Klebsiella Limite: Animals Idioma: En Revista: Salud pública Méx Assunto da revista: SAUDE PUBLICA Ano de publicação: 2018 Tipo de documento: Article País de afiliação: México País de publicação: México