Genetic diversity and primary resistance among HIV-1-positive patients from Maringá, Paraná, Brazil / Diversidade genética e resistência primária entre pacientes HIV-1-positivos de Maringá, Paraná, Brasil
Rev. Inst. Med. Trop. Säo Paulo
; 54(4): 207-213, July-Aug. 2012. ilus, graf, tab
Article
em En
| LILACS
| ID: lil-643952
Biblioteca responsável:
BR1.1
ABSTRACT
The objective of this study is to identify subtypes of Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) and to analyze the presence of mutations associated to antiretroviral resistance in the protease (PR) and reverse transcriptase (RT) regions from 48 HIV-1 positive treatment naïve patients from an outpatient clinic in Maringá, Paraná, Brazil. Sequencing was conducted using PR, partial RT and group-specific antigen gene (gag) nested PCR products from retrotranscribed RNA. Transmitted resistance was determined according to the Surveillance Drug Resistance Mutation List (SDRM) algorithm. Phylogenetic and SimPlot analysis of concatenated genetic segments classified sequences as subtype B 19/48 (39.6%), subtype C 12/48 (25%), subtype F 4/48 (8.3%), with 13/48 (27.1%) recombinant forms. Most recombinant forms were B mosaics (B/F 12.5%, B/C 10.4%), with one C/F (2.1%) and one complex B/C/F mosaic (2.1%). Low levels of transmitted resistance were found in this study, 2/48 (2.1% to NRTIs and 2.1% for PI). This preliminary data may subsidize the monitoring of the HIV evolution in the region.
RESUMO
O objetivo foi identificar subtipos do Vírus da Imunodeficiência Humana tipo-1 (HIV-1) e analisar a presença de mutações/polimorfismos nas regiões da protease (PR) e transcriptase reversa (TR) de 48 pacientes virgens de tratamento atendidos no município de Maringá, Paraná, Brasil. O sequenciamento foi conduzido usando produtos de nested PCR dos genes da PR, TR parcial e group-specific antigen gene (gag) de RNA retrotranscrito. A interpretação da resistência transmitida foi realizada segundo o algoritmo Surveillance Drug Resistance Mutation List (SDRM). As análises filogenética e SimPlot dos segmentos concatenados classificaram as sequências como subtipo B 19/48 (39,6%), subtipo C 12/48 (25%), subtipo F 4/48 (8,3%), com 13/48 (27,1%) formas recombinantes. A maioria das formas recombinantes era mosaicos B (B/F 12,5%, B/C 10,4%), com um C/F (2,1%) e um mosaico complexo B/C/F (2,1%). A prevalência de resistência transmitida foi de 4,2% (2,1% para ITRN e 2,1% para IP). Baixos níveis de resistência transmitida foram encontrados nesse estudo, 2/48 (2,1% para INTR e 2,1% para IP). Esses achados, embora preliminares, podem contribuir no monitoramento da epidemia de HIV na região.
Palavras-chave
Texto completo:
1
Coleções:
01-internacional
Base de dados:
LILACS
Assunto principal:
Infecções por HIV
/
Protease de HIV
/
HIV-1
/
Farmacorresistência Viral
/
Transcriptase Reversa do HIV
/
Mutação
Tipo de estudo:
Prognostic_studies
/
Risk_factors_studies
Limite:
Adolescent
/
Adult
/
Female
/
Humans
/
Male
País/Região como assunto:
America do sul
/
Brasil
Idioma:
En
Revista:
Rev. Inst. Med. Trop. Säo Paulo
Assunto da revista:
MEDICINA TROPICAL
Ano de publicação:
2012
Tipo de documento:
Article
País de afiliação:
Brasil
País de publicação:
Brasil